36 sandıkta aralarında Ergenekon sanıklarının da olduğu toplam 5 bin 180 kişi oy kullandı. Anayasa'daki düzenlemelerle bazı üyeleri Ergenekon sanıklarıyla hatırlanan HSYK'nın yapısı da değişecekti. Bu yüzden çoğu Ergenekon sanığının "hayır" cephesinde yer aldığı biliniyordu. İşçi Partisi Genel Başkanı Doğu Perinçek, Türk Metal Sen Eski Başkanı Mustafa Özbek ve Yeni Parti Genel Başkanı Tuncay Özkan da açıkça "hayır" çağrıları yapmıştı. Ama sonuçlar onların istediği gibi çıkmadı. Ergenekon sanıklarının çaba ve çağrılarına rağmen Cezaevindeki tutuklulardan 2979'u "EVET" dedi. Sandıklardan 362 geçersiz oy çıkarken sadece 1839 kişi "hayır" dedi. Böylece Silivri' cezaevinde de yüzde 63'le değişimden yana olanlar kazandı