Ergenekon davası tutuklu sanığı Balbay, adil yargılanma hakkı, ifade özgürlüğü ile özgürlük ve güvenlik hakkının ihlal edildiği gerekçesiyle AİHM'e başvuruda bulunuldu. Balbay'ın avukatları Mehmet İpek, Aydın Metin ve Hasan Hüseyin Altaş tarafından hazırlanan dilekçede, Balbay'ın Ergenekon soruşturması kapsamında tutuklanma süreci anlatıldı. Dilekçede, Balbay'ın soruşturma ve yargılama aşamasında tahliyesi için yapılan itirazların hep aynı gerekçelerle reddedildiği anlatıldı. Yargılamanın 28'inci celsesinden itibaren Balbay'ın tahliye talebinin ayrı olarak değerlendirilmeye başlandığı belirtilen dilekçede "Ancak mahkeme başkanının karşı oyuna rağmen yine basma kalıp ifadelerle hukuki gerekçelere dayandırılmadan reddedildi." ifadesine yer verildi. Bütün tahliye taleplerinin aynı gerekçelerle reddedilmesinin Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin (AİHS) 6'ncı maddesinde belirtilen makul sürenin aşılmasına neden olduğu iddia edildi. Dilekçede, yaptıkları itirazlara red kararı verildiği ve itirazın reddi kararlarına karşı başvurulacak başka bir iç hukuk yolunun bulunmadığı, bu durumda da bütün iç hukuk yollarının tükendiği anlatıldı. Sanık Balbay'ın tutuklandıktan 9.5 ay sonra savunmasını yapabildiği, sanık sayısının fazla olmasından dolayı savunmaların tamamlanamadığı ve yargılamanın uzun süreceği belirtilen dilekçede, tahliye taleplerinin sürekli ve yasal olmayan gerekçelerle reddedilmesinin AİHS'nin 5'inci maddesindeki özgürlük ve güvenlik hakkını da ihlal ettiği ileri sürüldü. Ergenekon davalarının cezaevi içinde özel olarak hazırlanan duruşma salonunda, oluşturulan ayrı bir heyet tarafından yürütüldüğü belirtilen dilekçede, yargılamanın tabii olmayan olağanüstü mahkeme tarafından yürütüldüğü, bu durumun AİHS'nin 6'ıncı maddesinde yer alan adil yargılama hakkını da ihlal ettiği iddiasına yer verildi. Dilekçede, yegane amacı habere ulaşmak olan Balbay'ın yaptığı görüşmeler, gazetedeki yazıları, televizyon, radyo programları, haber kaynaklarından aldığı bilgi ve belgeler nedeniyle kendisine suç isnad edilmesinin hukuken mümkün olmadığı iddia edildi. Balbay'ın gazetecilik faaliyetleri nedeniyle tutuklu yargılandığı ileri sürülen dilekçede bu durumun da AİHS'nin 10'uncu maddesinde belirtilen ifade özgürlüğünü ihlal ettiği savunuldu. Dilekçenin sonunda sanık Mustafa Balbay yönünden bu yargılamada uygulanan tutuklama tedbirinin AİHS'nin 5., 6. ve 10'uncu maddelerinin ihlal edildiğinin tespit edilmesi ve Türkiye Cumhuriyeti devleti aleyhine tazminata hükmedilmesi talep edildi.