Genelkurmay Başkanlığı, Balyoz davasında yeni bulunan belgeler dolayısıyla yapılan haberlere tepki gösterdi. Yapılan açıklamada, 'Masumiyet karinesinin korunması' ve 'özel hayatın gizliliği'nin ciddi biçimde ihlal edildiği ifade edildi. İnternet sitesinden yapılan açıklamada, devam eden bir soruşturma kapsamında İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 6 Aralık 2010 tarihinde Donanma Komutanlığında arama yapıldığı hatırlatıldı. Cumhuriyet Savcısı nezaretinde askeri personel tarafından yapılan aramada, birtakım malzeme ve dokümanın bulunduğunun dile getirildiği açıklamada, konuya ilişkin Askeri Savcılık tarafından adli soruşturma başlatılmış olup olayın idari soruşturmasının da halen devam ettiği vurgulandı. Bulunan dokümanın bir kısmının 10'uncu Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 19 Ocak 2011 tarihinde ilgili taraflara dağıtıldığının anlatıldığı açıklamada, "Bu tarihten itibaren, bazı medya organlarında, ortaya atılan her iddiayı peşinen doğru kabul eden, adı geçen herkesi suçluymuş gibi gösteren ve farklı yollarla bunu başkalarına da kabul ettirmeye çalışan bir yaklaşım belirmiştir. Bu şekilde yapılan yayınlarla, kişilerin 'masumiyet karinesinin korunması' ve 'özel hayatın gizliliği' ilkelerinin ciddi şekilde ihlal edildiği, yargılama sürecinin 'kamuoyu yargısı' şekline dönüştürülmek ve olumsuz yönde etkilenmek istendiği açıkça görülmektedir. Türk Silahlı Kuvvetleri, demokrasi, hukukun üstünlüğü ve anayasal değerlere bağlı bir kurum olarak, aksi yönde yapılan telkinlere rağmen, yargı sürecini sabır, sükunet ve itidalle izlemekte, bu çerçevede bağımsız ve tarafsız olduğuna inandığı yargının er ya da geç doğruyu ortaya çıkarmasını beklemektedir." denildi. Kamuoyuna saygı ile duyurulur.