Agos Gazetesi Genel Yayın Yönetmeni Hrant Dink'in ailesi, Dink'in öldürülmesinde ihmalleri olduğu gerekçesiyle dönemin İstanbul ve Trabzon emniyeti ile jandarma görevlileri hakkında soruşturma açılması için İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na başvurdu. Başvuru dilekçesinde Ergenekon davası tutuklu sanığı Mehmet Haberal'ın tahliye edilebileceği yönündeki raporun saklanmasına ilişkin soruşturmada Enstitü Müdürü Erhan Kansız'ın tutuklanmasının emsal teşkil etmesi gerektiği belirtildi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na sunulan 12 sayfalık dilekçede, Hrant Dink'in öldürülmesinin ardından İstanbul Emniyet Müdürlüğü, Trabzon Emniyet Müdürlüğü ve Trabzon Jandarma Alay Komutanlığı görevlileri hakkında, Hrant Dink'in öldürüleceğini bildikleri halde cinayetin önlenmesi konusunda gerekli tedbirleri almadıkları gerekçesiyle çok sayıda başvuruda bulunulduğu hatırlatıldı. Ancak bu konuda yol alınamadığı belirtilen dilekçede, İstanbul ve Trabzon savcılıklarına yapılan başvurularda soruşturmaya yer olmadığına dair karar verilmesi üzerine Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'ne (AİHM) başvurulduğu ifade edildi. AİHM kararına da değinilen dilekçede, Türkiye'nin ihmali olduğu gerekçesiyle para cezasına mahkum edildiği ifade edildi. AİHM'nin, Hrant Dink cinayetindeki sorumluları ve sorumluluklarını tespit ettiğine yer verilen dilekçede, "Şüpheliler, cinayetten önce, yalnızca faillere yardım etmekle kalmamış, cinayetten sonra da bu fillerini ve cinayetin gerçekleşmesindeki rollerini gözlerden gizlemek, cinayetin gerçek faillerinin ortaya çıkmasını önlemek amacıyla başka suçlar da işlemişlerdir." denildi. Dilekçede, "Şüphelilerin eylemleri açıktır. Aldıkları bilgileri değerlendirmiş olsalardı, aldıkları bilgiler çerçevesinde "uyarı" ya da yasadan kaynaklanan görevlerini yerine getirerek önlem almış olsalardı Hrant Dink'in öldürülmesine engel olacaklardı. Olmadılar. O halde eylemleri ihmal yoluyla insan öldürmedir. Kasten insan öldürme eylemini ihmali davranışla işlemişlerdir. Şüpheliler olayları kendi akışına terk etmişlerdir. Aldıkları bilgiler çerçevesinde Hrant Dink'in öldürüleceğini bilmektedirler. Bu konuda bir şey yapmak yerine yapmamak konusunda iradeleri bulunduğu çok açıktır. Savcılığınızın yapması gereken tek şey, şüphelilerin, Hrant Dink'i katleden terör örgütünün üyesi olma suçlamasıyla yargılanan faillerle ilişkileri olup olmadığını, faillere yardım edip etmediklerini ortaya çıkarmak ve bu cinayetle ilgili tüm şüpheleri aydınlatmaktır." ifadeleri yer aldı. Ergenekon davası tutuklu sanığı Prof. Dr. Mehmet Haberal'ın tahliye edilebileceği yönündeki raporun saklanmasına ilişkin soruşturmada Enstitü Müdürü Erhan Kansız'ın tutuklandığı hatırlatılan dilekçede, 'örgüte yardım etmek' iddiasıyla verilen tutuklama kararının emsal teşkil ettiğini savundu. Dilekçede, Kamu Güvenliği Müsteşarı olan dönemin İstanbul Valisi Muammer Güler, Eski Emniyet İstihbarat Daire Başkanı Ramazan Akyürek, Osmaniye Valisi olan dönemin İstanbul Emniyet Müdürü Celalettin Cerrah, İstanbul Emniyet Müdürlüğü Eski İstihbarat Şube Müdürü Ahmet İlhan Güler, dönemin Trabzon Emniyet Müdürü Reşat Altay, dönemin Trabzon Alay Komutanı Albay Ali Öz, dönemin Trabzon Jandarma İstihbarat Şube Müdürü Binbaşı Metin Yıldız'ın da aralarında olduğu 30'un üzerinde kamu görevlisi hakkında soruşturma yapılarak cezalandırılmaları istendi.