Balyoz davasının bir numaralı sanığı eski 1. Ordu Komutanı emekli Orgeneral Çetin Doğan'ın, misyonerlik faaliyetleri yaptığı, PKK'lı öğrencilere burs verdiği, MİT, Jandarma ve Özel Kuvvetler Komutanlığı tarafından rapor edilen Çağdaş Eğitim Vakfı'na (ÇEV) yönelik operasyonların durdurulması için çaba harcadığı iddia edildi. Doğan'ın 2002 yılında bir otelde dönemin İstanbul Emniyet Müdürü Hasan Özdemir ile görüştüğü ve soruşturmanın sona erdirilmesini istediği belirtildi. Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği (ÇYDD) ve ÇEV'e yönelik hazırlanan iddianamenin ek klasörlerinde yer alan bilgiye göre Çetin Doğan, ÇEV'e yönelik operasyonların durdurulması için girişimlerde bulunmuş. Dönemin Genelkurmay Adli Müşaviri ve Ergenekon davası sanığı emekli Tümgeneral Erdal Şenel'den ele geçirilen dijital verilerde bulunan bilgiye göre, Doğan, 8 Haziran 2002 tarihinde Beşiktaş'ta bir otelde dönemin İstanbul Emniyet Müdürü ve şu an MHP Gaziantep Milletvekili olan Hasan Özdemir ile bir toplantı yaptı. Emekli Orgeneral Necdet Timur ve Şenel'in de katıldığı toplantının konusunun ise ÇEV olduğu kaydedildi. Askerler, Özdemir'den ÇEV ile ilgili operasyonların sona erdirilmesini istedi. Operasyonların sürmesi durumunda vakfın zor durumda kalacağı belirtildi. Bu talep karşısında Özdemir, kendisinin yapacağı bir şey bulunmadığını söyledi. Konunun savcılık tarafından incelendiğini belirten Özdemir, MİT'in vakıfla ilgili olumsuz bir rapor hazırladığını, bu rapora göre de ÇEV'in misyonerlerle işbirliği içinde olduğunun anlaşıldığını aktardı. Askerlerin çabalarının sonuçsuz kaldığı belirtilen yazıda, Erdal Şenel'in Çetin Doğan'a, "Ben komuta katından habersiz olarak buraya geldim. Lütfen buna göre davranınız." dediği belirtiliyor. ÇYDD iddianamesinde, Şener Eruygur'dan ele geçirilen bir belgede jandarma istihbarat birimlerinin '2003 yılında Gülseven Yaşer ve başkanı olduğu ÇEV'in PKK'lı kişilere burs verdiği, vakıfta yapılan aramada PKK ile ilgili örgüt dokümanları, terör örgütü elebaşı Abdullah Öcalan'ın kitaplarının bulunduğu' şeklinde tespitlerin yer aldığı belirtilmişti. Buna rağmen Eruygur'un Yaşer ve vakıfla ilişkisini sürdürdüğü ortaya çıkmıştı. MİT'in tespitlerine göre de ÇEV, Türkiye'de misyonerlik faaliyetlerinde bulunuyor. ÇEV'İN MİSYONERLİK FAALİYETİNİ ÖZEL KUVVETLER KOMUTANLIĞI DA TESPİT ETMİŞ ÇEV'in misyonerlik faaliyetlerinde bulunduğunu MİT'in yanı sıra Özel Kuvvetler Komutanlığı'nın da belirlediği ortaya çıktı. Çetin Doğan'ın korumaya çalıştığı belirtilen vakfın bu faaliyetleri, Özel Kuvvetler Komutanı Tümgeneral Nevzat Bekaroğlu imzasıyla Genelkurmay Harekat Başkanlığı'na gönderilen ve İstihbarat Albay Sedat Veyisoğlu imzasını taşıyan 'gizli' ibareli bilgi notunda da anlatılıyor. Notun 'değerlendirme' bölümünde, "Vakıf çalışanlarının ulusal kimlik ve üniter yapı anlamının bir değer taşımadığı fikrini yaydıkları, ABD kültürü yayma misyonerliği yaptıkları bu çalışmalarını Atatürkçülük ve irtica ile mücadele gibi konularla maskelemeye çalıştıkları değerlendirilmektedir." deniliyor.