Şeyhülislâmlığa bağlı olarak, İslâm âleminin problemlerini çözmek ve dertlere çare olmak için 13 Ağustos 1918’de Dârü’l-Hikmeti’l-İslamiye açıldı. Darü’l-Hikmet o zaman Mehmet Akif,  İzmirli İsmail Hakkı, Elmalılı Muhammed Hamdi Yazır, Mustafa Sabri Efendi, Saadettin Paşa gibi İslam âlimlerinden meydana gelen bir İslam akademisi mâhiyetinde idi. Mehmet Akif baş katipliğine tayin edilmiştir. 

O zamanki Sadrazam Talat Paşa Üstad için şöyle diyordu: “Bediüzzaman Dârü’l-Hikmeti’l-İslamiyeye namzettir. O büyük bir vatanperver, kahraman bir fedaidir. Millet ve memleket uğrunda fîsebîlillâh hayatını vakfetmiştir.”

Kaymakamlık makamı mukabil Mahreç pâyesiyle, padişah Mehmed Vahdeddin imzasıyla Şeyhülislam Musa Kâzım Efendi’nin hazırladığı tezkere ile Üstad’ın tayini yapılmıştı.

Birinci Dünya Savaşına Üstad Hazretleri Başkumandan Vekili ve Harbiye Nazırı Enver Paşa ile anlaşarak talebe ve taraftarlarıyla girmişti. Yaralanıp esir düştüğünde, esaretten Müslüman tüccarlar vasıtasıyla Üstad, Rusya’nın karıştığını çarlığın yıkılacağı hakkındaki bilgileri Sadrazam Talat Paşa’ya bildirmişti. Esaretten firar edip İstanbul’a gelince onu Enver Paşa karşılamıştı. Bir kısmını harp meydanlarında yazmış olduğu İşârâtü’l-İ’caz tefsirini hürmetle karşılamış hayrına iştirak etmek düşüncesiyle kağıdını verip basılmasını sağlamıştı. Darül-Hikmet ve Şeyhülislamlık vasıtasıyla bu tefsir bütün müftülüklere gönderilmişti…

Harbiye Bakanlığı,  Üstad’a ikramiye olarak üç ay ellişer liradan yüz elli lira, ayrıca bir adet de harp madalyası vermiştir… Üstad’ın yeğeni Abdurrahman Nursi, İstanbul döneminde yanında idi. Onun için o dönemi şöyle anlatmıştı:  “1918 senesinde esaretten geldikten sonra, amcam rızası olmadan, Dârü’l-Hikmeti’l-İslamiyeye âzâ tayin edildi. Fakat esarette çok sarsılmış olduğundan bir müddet izinli olarak vazifeye gidemedi. Çok defa istîfâ etmek teşebbüsünde bulundu, fakat dostları bırakmadılar. Bunun üzerine Dârü’l-Hikmeti devama başladı. Haline dikkat ediyorum ki, zaruretten fazla masraf yapmıyordu. Maişetçe neden bu kadar iktisatlı yaşıyorsun diyenlere cevaben, ‘Ben, büyük topluluğa tâbi olmak isterdim. Halkın büyük çoğunluğu bu kadar tedarik edebilir. Ben azınlık müsriflere tâbi olmak istemem’ demiştir.” Maaşını çok iktisatlı kullandıktan sonra kalanını kitaplar bastırarak bir nevi millete iâde ediyordu. Bediüzzaman Hazretlerinin Dârü’l-Hikmet’teki resmi vazifesi 1922’de Dârü’l-Hikmetin kapanmasıyla sona ermiştir.

Üstad Bediüzzaman Hazretlerine “Dârü’l-Hikmeti’l-İslamiye neden hizmet edemedi?”  diye sorulan suâle verdiği cevap: “En büyük hizmeti, hizmet etmemesidir. En büyük hareketi, hareketsizliğidir. Çünkü buradaki hâkim olan kuvvet, ecnebiyle lehinde olmayan her bir hareketi boğuyor. Hareket edenleri gördük, mukaddes camilerde gavurlara dua ettirildi ve mücahidlerin katline cevaz veren fetva verildi. İşte Dârü’l-Hikmet, bu fırtına içinde âlet ettirilmedi. En büyük mani olan ecnebi kuvvet, bütün kuvvetiyle ahlaksızlığı himâye ediyor hem teşvikle cesaretlendiriyordu. 

“İkinci derecede sebep: Dârü’l-Hikmet’teki azalar ve şahsiyetler birbiriyle imtizaç edecek durumda değildi, belki birbirleriyle karışık biçimde hareket edecek halde değildi. O şahsiyetlerin şahsî meziyetleri vardı, ama cemaat ruhu doğmadı. Benler, bencillikler kuvvetliydi; delinmedi ve erimedi ki  “biz” olsun. Yani “Ben”,  “Biz” olmadı. Çalışanlarda ortaklık düsturuyla işe girişildi, yardımlaşma düsturu ihmâl edildi.

 “Ortaklık, maddiyatta eseri çoğaltır, fevkalâde yapar. Ama mâneviyatta ve düşüncelerde âdileştirir, çirkinleştirir. Yardımlaşma düsturu bunun tamamen aksidir; maddiyatta cemaate nisbeten pek küçük, fakat yalnız bir şahsa nisbeten pek küçük, fakat yalnız bir şahsa nisbeten büyük eserlere vasıta olur. Mâneviyatta ise, eseri harikulâde dercesine yükseltir. Hem de tenkitleri çok keskinleşmiştir, karşısına çıkan fikir parçalanır, söner.”

“Daha hak olanı aramakla bazan hakkı da kaybederler. Hakta ittifak, daha hak olanı aramakta ihtilaf olduğundan; bence çok defa hak, daha hak olanı aramaktan, daha haktır. Daha hak olanı arama müddeti zamanında, bâtılın meydana çıkmasına bir nevi müsamaha edilmiş olur. Yani bazan “güzel, daha güzelden daha güzel olur.” (Tulûât)