Beşiktaş'taki basın açıklaması sırasında polisin müdahale ettiği eylemin ardından, grupların tekrar toplanarak adliyeye gitmek istemeleri üzerine polis yeniden müdahale etti. Beşiktaş girişinde ve meydanda toplanan gruplar dağılmayınca çevik kuvvet biber gazı sıkarak göstericileri dağıttı. Göstericiler ara sokaklara kaçarken, belediye otobüslerine binen bazı göstericiler ise otobüslerden indirilerek yaka paça gözaltına alındı. İstanbul Emniyet Müdürlüğü ekiplerinin 21 Eylül 2006 tarihinde terör örgütlerine yönelik çeşitli dernek ve basın kuruluşlarına yaptığı baskınlar kapsamında gözaltına alınarak tutuklanan arkadaşlarının İstanbul Adliyesi'nde görülen duruşmalarına destek vermek için basın açıklaması yapan gruba polis müdahale etti. Polis gaz sıkarak grubu dağıtırken, göstericiler bir banka şubesinin camlarını kırdı. Müdahalenin ardından tekrar toplanarak adliyeye gitmek isteyen gruba çevik kuvvet Beşiktaş girişinde yeniden müdahale etti. Polisin gaz sıkarak dağıttığı göstericilerin bazıları Dolmabahçe istikametine kaçarken, bazıları da belediye otobüslerine bindi. Göstericilerin otobüslere bindiğini gören polis, otobüsleri durdurarak eylemcileri yaka paça dışarı çıkarıp gözaltına aldı. Bu arada Beşiktaş Meydanı'nda tekrar toplanan başka bir gruba da polis müdahale etti. Polis ile göstericiler arasında kovalamaca yaşanırken, çok sayıda gösterici gözaltına alındı.