Sivasspor ile 31 Mayıs 2012'ye kadar sözleşmesi olmasına rağmen ayrılık isteğini yönetime ileten ve mukavelesini karşılıklı olarak fesh eden Mehmet Yıldız, Eskişehirspor'a transfer oldu. Sivasspor'un ligde şampiyonluğu kovaladığı, Türkiye Kupası'nda yarı final oynama başarısı elde ettiği, Avrupa kupalarında mücadele ettiği dönemlerde teknik direktörlüğünü yapan Bülent Uygun ile takımın kaptanlığını yapan Mehmet Yıldız böylece Eskişehir'de tekrar buluştu. 2009-2010 sezonunun 8. haftası sonrasında Sivasspor'dan ayrılan ve Bucaspor macerasının ardından geçen sezon Eskişehirspor'un başına geçen teknik direktör Bülent Uygun, Sivasspor'da kadroda vazgeçemediği isim olan Mehmet Yıldız'ı Eskişehirspor'a kazandırdı. Uygun ile yıldızı parlayan ve Sivasspor'da önemli başarılara imza atan Mehmet Yıldız, bundan sonraki süreçte yeni takımı Eskişehirspor'un başarısı için ter dökecek. Eskişehirspor ile 1 yıllık sözleşme imzalayan Mehmet Yıldız'ın futbol yaşamında Bülent Uygun'un ayrı bir yeri bulunuyor. Teknik direktörler Werner Lorant ve Karol Pecze dönemlerinde Sivasspor'da fazla şans bulamayan, 2005-2006 sezonunun devre arasında sezon sonuna kadar İstanbulspor'a kiralık olarak gönderilen Mehmet Yıldız, yedek kalmasına, başka bir takıma kiralık olarak gönderilmesine rağmen yılmadan çalışmaya devam etti ve Uygun'dan formayı kaparak yıldızlaştı. -''MEHMET YILDIZ'I ALAN ŞAMPİYON OLUR'' DEMİŞTİ- Uygun'un takımın başına gelmesiyle adeta yeniden doğan Mehmet, 2007-2008 ve 2008-2009 sezonlarında Sivasspor'daki performansıyla büyük takımların transfer listesine girdi. Transferin gözde isimlerinden olan Yıldız, büyük kulüplerden gelen transfer tekliflerine rağmen, o dönemde Uygun yönetiminde şampiyonluğu kovalayan Sivasspor'da kalmayı tercih etti. Uygun döneminde (A) Milli Takım'a yükselen Mehmet Yıldız, Sivasspor'un elde ettiği birçok başarıda büyük pay sahibi oldu. Bir dönem Mehmet Yıldız ile birlikte Sivasspor formasını giyen Bülent Uygun, daha sonra kulübün genel menajerliğini de yapmıştı. Bülent Uygun, Mehmet Yıldız'a gelen transfer teklifleri için, o dönemde ''Mehmet Yıldız'ı alan şampiyon olur'' ifadelerini kullanarak golcü oyuncudan övgüyle bahsetmişti. Futbol yaşamının son 10-11 yılı, kısa süreli ayrılıklar dışında hep Sivasspor'da geçen Mehmet Yıldız, yıllardır formasını giyip kaptanlığını yaptığı Sivasspor'da Süper Lig'de forma giydiği 148 maçta 48 kez fileleri havalandırdı.