Beşiktaş ile yeni sözleşme yapmayan ve yönetimden yıllık 4 milyon euroya yakın bir ücret talep eden Fernandes'e Rusya yolu gözüktü. 28 yaşındaki oyuncunun Lokomotiv Moskova ile anlaştığı iddasını Portekiz Spor Gazetesi Record gündeme taşıdı. Gazete Fernanades'e yakın kaynaklara dayandırdığı haberinde Portekizli oyuncunun Rus ekibi ile ön anlaşma yaptığı ve yeni sezondan geçerli olmak üzere 5 yıllık sözleşme imzalayacağı ifade edildi.
Beşiktaş ile sezon sonu sözleşmesi sona erecek olan Manuel Fernandes, siyah beyazlı yönetimin teklif ettiği yıllık ücreti kabul etmemişti. Son dönemde performansında düşüş yaşayan Fernandes, taraftarlarla da sorunlar yaşadı.
