C Grubu'nu 10 puanla lider tamamlayan İspanyol Villarreal seribaşı olarak katıldığı kura çekiminde 5 puanla A Grubu'nu üçüncü sırada tamamlayan Rus Zenit'le eşleşti. Statü gereği ilk maçı deplasmanda oynayacak Villarreal rakibini rövanşta Estadio El Madrigal'de ağırlayacak. Bu eşleşmede rakibine üstünlük sağlayacak taraf bir üst turda Marsilya-Spartak Moskova eşleşmesinin tur atlayanıyla karşılaşacak. UEFA Kupası 3. turunda diğer eşleşmeler şöyle gerçekleşti: Aberdeen (İskoçya)-B.Münih (Almanya), AEK (Yunanistan)-Getafe (İspanya), Bolton Wanderers (İngiltere)-Atletico Madrid (İspanya), Zenit (Rusya)-Villarreal (İspanya), Anderlecht (Belçika)-Bordeaux (Fransa), Brann Bergen (Norveç)-Everton (İngiltere), Zürih (Avusturya)-Hamburg SV (Almanya), Glasgow Rangers (İskoçya)-Panathinaikos (Yunanistan), PSV Eindhoven (Hollanda)-Helsingborg (İsveç), Slavia Prag (Çek Cumhuriyeti)-Tottenham Hotspur (İngiltere), Rosenborg (Norveç)-Fiorentina (İtalya), S.Lizbon (Portekiz)-Basel (İsviçre), W.Bremen (Almanya)-Braga (Portekiz), Benfica (Portekiz)-Nürnberg (Almanya) Olympique Marsilya (Fransa)-Spartak Moskova (Rusya). UEFA Kupası'nda ilk maçlar 13-14 Şubat, rövanşlar ise 21-22 Şubat'ta yapılacak.