Manisaspor'un ligde ilk kez yer aldığı 2005-2006 sezonundan bu yana yapılan 7 maçtan 4'ünü Fenerbahçe, 1'ini Manisaspor kazanırken, 2 maç ise berabere sonuçlandı. Fenerbahçe'nin 15 golüne, Manisaspor 11 golle yanıt verdi. 2005-2006 sezonunda yapılan maçlarda Fenerbahçe, İstanbul'da 2-1, Manisaspor da Manisa'da 5-3'lük skorlarla galip geldi. 2006-2007 sezonunun ilk yarısında Manisa'da yapılan maçı Fenerbahçe 3-2 kazanırken, İstanbul'daki karşılaşma ise 0-0 bitti. 2007-2008 sezonunda ilk yarıda Manisa'da yapılan maç 1-1 tamamlandı, İstanbul'daki karşılaşmayı ise Fenerbahçe 4-1 kazandı. Bu sezon ise ilk yarıda İstanbul'da yapılan maçtan Fenerbahçe 2-1 galip ayrıldı.