2005-06'da Kayserispor'da gol krallığı sevinci yaşayan Gökhan, ligde sadece 14 dakika forma giyerek maç başına 1 dakikalık ortalama ile oynadı. Fenerbahçe'nin geçtiğimiz sezonun devre arasında büyük umutlarla Trabzonspor'dan transfer ettiği milli futbolcu Gökhan Ünal, kariyerinin en kötü günlerini geçiriyor. Fransız ekip Marsilya'dan Senegalli futbolcu Mamadou Niang'ın alınması, İspanyol forvet Daniel Güiza'nın sakatlıktan kurtulması ve Semih Şentürk'ün yedek kulübesinden çıkarak gollerini sürdürmesi Gökhan'ın forma giymesini iyice zorlaştırdı. Son maçlarda 18 kişilik kadroya bile giremeyen 28 yaşındaki oyuncu, Teknik Direktör Aykut Kocaman'ın hücum hattında 4. tercihi konumuna düştü. Süper Lig'de geride bırakılan 14 haftalık bölümde sadece 3 maçta oyuna sonradan alınan tecrübeli futbolcu, toplamda 14 dakika Sarı-Lacivertli formayı taşıdı. Fenerbahçe'de şu an en golcü isim kaptan Alex. 10 golü bulunan Brezilyalı yıldızı 8 golle Niang ile 7 kez ağları havalandıran Semih takip ediyor. Gökhan'ın ise bu sezon gol pozisyonu bir kenara kaleyi bulan şutu dahi yok. Tecrübeli futbolcu, 14. hafta itibarıyla 3 maçta 14 dakika oynayabildi. Beşiktaş ve Bucaspor maçlarında 87, Bursaspor önünde 85'te sahaya adımını attı. En uzun süre şans bulduğu karşılaşma 25 dakikayla Türkiye Kupası'ndaki Ankaragücü mücadelesiydi. Trabzonspor'dan 3,5 milyon Euro bonservis bedeli ve Eskişehirspor'da kiralık oynayan Burak Yılmaz karşılığında transferi gerçekleşen Gökhan, 2009-2010 sezonunun devre arasında Antalya'da yapılan hazırlık kampına gösterişli bir törenle takıma katılmıştı. Birçok televizyon kanalı Gökhan'ın havaalanına gelişini canlı yayınlarla izleyicisine ulaştırırken, milli futbolcu gazete manşetlerini süslemişti. Trabzonspor formasıyla oynadığı 45 lig maçında 17 gol kaydeden Gökhan Ünal, Bordo-Mavili ekibe Kayserispor'dan 2008-2009 sezonu öncesi 6 milyon 250 bin Euro'ya alınmıştı. 2005-06 sezonunda Kayserispor'da 25 golle gol krallığı sevinci yaşamış ve Fenerbahçe'ye imza attığında eski günlere dönüş yapacağının müjdesini vermişti. Ancak şu ana kadar geçmişteki performansını bile aratan Gökhan'ın devre arasında takımdan ayrılacağı öğrenildi.