Futbolu kadar saha içinde ve saha dışında karıştığı olaylar, yarattığı polemiklerle gündemden hiç düşmeyen Emre Belözoğlu, sonunda Fenerbahçe'de de tartışılmaya başlandı. Sezon boyunca saha içindeki agresif tavırları yüzünden hakemler ve rakip takımlardan antipati toplayan milli oyuncunun son olarak Trabzonspor Başkanı Sadri Şener hakkındaki sözlerinin Sarı-Lacivertli yönetimde de krize yol açtığı ortaya çıktı. Fener yönetimi, Emre'nin Belçika milli maçı sonrası dönüşte uçakta söylediği iddia edilen sözleri nedeniyle Trabzonspor'un kendilerini hedef alan açıklamalarına sert tepki gösterip oyuncusunu korurken, bazı yöneticilerin ise tecrübeli yıldızın kulübe zarar verdiğini belirterek, yaptırım uygulanmasını istedikleri öğrenildi. Yapılacak ilk yönetim kurulu toplantısında konuyu Başkan Aziz Yıldırım'la görüşecek olan bu idarecilerin, Emre Belözoğlu'nun 2012'de sona erecek olan sözleşmesini uzatmamayı teklif edecekleri kaydedildi. Başkan Yıldırım'ın ise kardeşi Ali Yıldırım'la arası çok iyi olan yıldız oyuncu hakkında gelen bu talep karşısında teknik direktör Aykut Kocaman'dan bir rapor alacağı, ayrıca Emre'nin önümüzdeki sezon ortaya koyacağı performansa göre son kararını vereği ifade edildi.