Şampiyonluğun tadını tam olarak çıkartamadan 3 Temmuz Pazar sabahı başlatılan şike soruşturmasıyla ilk şoku yaşayan Fenerbahçe, 24 Ağustos'ta da TFF'nin aldığı şok bir kararla Şampiyonlar Ligi'nden men edildi. Bu kararın ardından başlayan yaprak dökümünde Emmanuel Emenike, Andre Santos, Mamadou Niang, Daniel Güiza ve Diego Lugano birer birer takımdan ayrıldı. Emre Belözoğlu, Serdar Kesimal ve Gökhan Gönül gibi yıldızlar başta olmak üzere, birçok futbolcu sakatlıklar nedeniyle sezon başından bu yana kadrodaki yerini alamadı. Sarı-Lacivertliler, bir yandan bu sorunlarla uğraşırken, diğer taraftan da 12 günde birbirinden zorlu 4 lig maçına çıktı. Ayrıca Shakhtar Donetsk maçında çıkan olaylar nedeniyle Orduspor maçıyla sezona seyircisinden yoksun başladı Kanarya. Ancak aylardır süren karanlık günler ve yaşanan felaketler zinciri yıldırmadı Fenerbahçe'yi. Yaralı Kanarya, 2011 / 2012 sezonunda, 12 günde çıktığı 4 lig maçında 3 galibiyet bir beraberlik alıp 10 puan topladı. Krizlerle başa çıkmayı öğrenen Sarı-Lacivertliler, her şeye rağmen şampiyonluğun en güçlü adaylarından biri olduğunu gösterdi.