İlk sezonunda İnönü Stadı'nı dolduran Siyah Beyazlı taraftarların adına beste yaptığı ve Ajax'ın alt yapısından yetişmesi ile farklı bir gözle bakılan oyuncu oldu. Zaman zaman yaptığı kritik hatalar takımını zor durumlarda bıraksa da azmi ve savaşçı oyun yapısı Beşiktaşlı taraftarların gönlünde yavaş, ama sağlam bir şekilde yerleşmesini sağlıyordu. Sezon sonunda Tigana İstanbul'dan ayrılmış, ancak onun Beşiktaş'a getirdiği oyuncular kadroda kalmıştı. 2007-2008 sezonunda takımın başına geçen Ertuğrul Sağlam, ilk dönemlerinde Baki'ye fazla forma şansı vermedi. Yoğun maç trafiği ve yaşanan sakatlılar Baki Mercimek'in yeniden formasına kavuşmasına sebep oldu. 25 yaşındaki oyuncu ilk sezonunda olduğu gibi yine kritik hatalar yapsa da azmi ve enerjisi ile 90 dakikanın sonunda ismi "elinden geleni yaptı" veya "iyi oynadı" kelimeleri ile aynı cümlelerde anıldı. Ancak şampiyonluk yolunda emin adımlarla giden Beşiktaş, Süper Lig'in 27. haftasında İstanbul Büyükşehir Belediyespor'a, ardından da kendi evinde Fenerbahçe'ye mağlup olarak yarıştan kopma noktasına geldi. Fenerbahçe ile oynanan derbide skor 1-1 devam ederken Baki, defanstan topla çıkarak rakip ceza sahası önüne kadar gelmiş, ama topu kaptırınca Siyah Beyazlı takım 81. dakikada 2-1 geriye düşmüştü. İnönü Stadı'nı dolduran Beşiktaş taraftarı ise yenilen bu gol sonrası Baki Mercimek'i suçlu ilan etti ve karşılaşma bitene kadar top her ayağına geldiğinde sanki rakip takım oyuncusuymuş gibi ıslıklara maruz kaldı. "FENERBAHÇE MAÇINDA BANA GÖSTERİLEN TEPKİYE DEĞİL, MAÇI KAYBETTİĞİMİZE ÜZÜLDÜM" 29 Mart'ta oynanan o maçın ardından Baki Mercimek bir daha forma şansı bulamadı. Sürekli savunması ile eleştirilen Beşiktaş'ta sezon sonu gönderilmesi beklenen oyuncular arasında adı artık büyük harflerle yazılmaya başlanan Baki Mercimek, o tarihten bu yana koruduğu sessizliğini ilk kez DHA için bozdu. Baki, profesyonel bir futbolcunun yapması gerektiği gibi çalışmalarına devam ettiğini ve o gün İnönü'de ıslıklanmasına değil, maçı kaybettikleri için üzgün olduğu dile getirdi. Baki şunları söyledi: "Bu sezon ilk maçtan bugüne amacımız şampiyon olmaktı. Ben ve tüm takım arkadaşlarım bu amaç için her şeyimizi ortaya koymaya hazırdık. Tabi ki hatalarımız oldu. Çok kolay puanlar kaybettik. Son oynadığımız Fenerbahçe maçı ise bizi çok üzdü. O maçı o şekilde kaybetmemeliydik. Ben de o maçın sonunda ıslıklanan futbolcu oldum. Ama bana gösterilen tepkiye değil, maçı kaybettiğimize üzüldüm. Artık amaçtan sapma noktasına geldiğimiz için büyük bir üzüntü yaşıyorduk. Taraftarımızın o anki ruh halini de iyi analize etmek gerekiyor. Çok istedikleri şampiyonluk, o maç sonrası elimizden gidiyordu. Gösterdikleri tepki için onları suçlayamam. Ama soyunma odasında yaşadığımız üzüntü, onarın duyduğu üzüntüden farklı değildi". "SEZON SONUNDA MUKAVELEM BİTİYOR, AMA BEN BEŞİKTAŞ'TA KALMAK İSTİYORUM" Baki, yaşanan bu son olayın ardından birçok kişi tarafından sezon sonunda takımdan ayrılacak futbolcular arasında gösterilmesiyle ilgili ise, "Sezon sonunda Beşiktaş ile mukavelem bitiyor, ama ben takımdan ayrılmak istemiyorum" diyerek, şöyle konuştu: "Beşiktaş büyük bir kulüp ve devamlı hedeflere koşan bir ekip. Ben de hedefleri olan bir oyuncuyum. İki yıldır burada oynuyorum, ama hedeflerime ulaşamadım. Beşiktaş'tan bu şekilde ayrılmak istemiyorum. Henüz bana yeni mukavele için bir teklif gelmedi. Ama takımdaki diğer oyuncularla da böyle bir konuşma yapılmadı. Hollanda'da bulunan menajerim beni her gün arıyor ve bana gelen teklifleri iletiyor. Ama ben hiç bir takımla görüşmedim ve Beşiktaş'la konuşmadan başka bir takımla masaya oturmam. Sanırım yöneticilerimiz önümüzdeki haftadan itibaren bizimle görüşmeye başlayacaklar. Ben buraya şampiyonluk yaşamaya geldim. Amaca ulaşmadan da ayrılmak istemiyorum." DHA