Talimatın ardındaki 14 Aralık 2004 tarihli ‘Kamu İlaç Alım Protokolü’, tahminlerin tersine, kamuya tasarruftan ziyade zarar getirdi. Zararın boyutları 592 sayılı Aksiyon dergisinde ‘İlaçta Acı Reçete’ başlıklı haberde detaylarıyla anlatılmıştı. Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanı Murat Başesgioğlu’nun, Ordu Milletvekili Dr. İdris Sami Tandoğdu’nun 26 Nisan 2006 tarihli soru önergesine 22 Mayıs’ta verdiği cevapta zararın geldiği nokta açıkça görülüyor. SSK’nın sadece 6 kalem ilaçtaki masrafı yaklaşık 8 trilyondan 100 trilyon liraya yükseliyor. Bu muazzam artışın sebebi sadece serbest eczanelerden ilaç alımına izin verilmesi değil. Bazı eşdeğer ilaçların SSK İlaç Listesi’nden çıkarılması ve miktar kısıtlamasında değişikliğe gidilmesi. SSK, pahalı ilaçlarda da büyük zarar ediyor. Özellikle yabancı firmaların pazarladığı ilaçların günümüz fiyatlarıyla SSK’nın 2004’teki avantaj alım modelindeki fiyatlar arasında yüzde 1400’leri aşan farklar söz konusu. Öte yandan Türkiye’de bulunmadığı ya da ruhsatlandırılmadığı için yurtdışından getirilen ilaçlarda da, önceki duruma göre ciddi fiyat farkı var. Türk Eczacılar Birliği (TEB) bu kategorideki ilaçları, SSK’dan çok daha fazlasına ithal ediyor. 2004 yılında 2,7 katrilyon lira olan SSK ilaç harcaması kurumun resmî tahminine göre 2006’da 4,8 katrilyon liraya yükselecek.