MEB, 6-7 ve 13 Haziran 2009 tarihlerinde yapılacak SBS'ye başvuru için 2-20 Mart arasında süre vermiş ancak çeşitli nedenlerle başvuramayan öğrenciler için 6-10 Nisan arasında ek süre tanımıştı. Sınava başvuracak öğrencilerin velilerinin, öğrencinin T.C Kimlik Numarası ile 10 TL sınav ücretini Ziraat Bankası, Türkiye Vakıflar Bankası veya Türkiye Halk Bankası şubelerinden birine ''Kurumsal Tahsilat Programı'' aracılığıyla yatırması, banka dekontunu da saklamaları gerekiyor. Bankaya sınav ücretini yatıran öğrencinin başvurusu otomatik yapılmış olacak. Ancak başvuru süresi içinde bankaya sınav ücretini yatırmayan öğrenciler başvuru yapmamış sayılacak. MEB, okul yönetimlerinden, gerekirse aileleriyle temasa geçerek sınava bütün öğrencilerin başvurmasının sağlanmasını istiyor. SBS, ilköğretim 6, 7 ve 8. sınıf öğrencilerine yönelik yapıldığı ve bu üç sınıfta alınan puanların değerlendirmesine göre yerleştirme puanı hesaplandığı için, bu sınavlara zamanında katılmayan öğrencilerin, ileride karar değiştirdiklerinde telafi imkanları olmuyor. Sınav ücreti olan 10 TL'yi veremeyecek öğrenciler için ''çevre imkanları, okul aile birlikleri ve sosyal yardımlaşma ve dayanışma vakıflarından'' destek sağlanabiliyor.