Caminin 40 santimetre su altında kalması üzerine, üç bakanlığa ültimatom gibi uyarı gönderen TBMM Dilekçe Komisyonu, nihayet istediği sonucu aldı. Daha önce "Sorumluluk bizde değil" diyen ilgili kurumlar, TBMM'nin 'yasal süreç başlatılacağı' uyarısı üzerine 'çözüm protokolü' imzaladı. Gerekli teknik incelemelerin ardından, caminin su altından kurtarılmasına ilişkin çalışmalar başlayacak. Halfeti Ulucamii'nin kurtarılması için gelen yoğun başvurular üzerine harekete geçen TBMM Dilekçe Komisyonu, Kültür Bakanlığı, Enerji Bakanlığı, Maliye Bakanlığı ve Vakıflar Genel Müdürlüğü'ne bir süre önce 'camiyi kurtarın' içerikli yazı göndermişti. Ancak söz konusu bakanlık ve kurumlar çeşitli gerekçeler ileri sürerek sorumluluğun kendilerinde olmadığını savunmuştu. Dilekçe Komisyonu Başkanı ve AK Parti Çanakkale Milletvekili Mehmet Daniş, bunun üzerine aynı makamlara Aralık 2011'de bir uyarı yazısı gönderdi. Bu konuda görev ve sorumluluklarını yerine getirmeyen kişi ve kurumlarla ilgili yasal işlem başlatılacağı vurgulandı. Dilekçe Komisyonu'nun uyarısı üzerine Kültür, Maliye, Enerji bakanlıkları ile Vakıflar Genel Müdürlüğü yetkilileri 29 Aralık 2011 tarihinde bir araya geldi. 4 maddelik bir uzlaşma protokolünün imzalandığı toplantıda, Halfeti Ulucamii'nin Enerji İşleri Genel Müdürlüğü'ne tahsisinin yapılarak kurtarılması kararlaştırıldı. Bakanlıklar, varılan uzlaşmayı bir üst yazı ile TBMM Dilekçe Komisyonu'na gönderdi. Uzlaşma protokolünde şu kararlar yer aldı: "Halfeti Ulucamii'nin tahsisi Maliye Bakanlığı tarafından Enerji İşleri Genel Müdürlüğü'ne yapılacak. Vakıflar Genel Müdürlüğü kurtarma projesinde gereken her türlü teknik desteği verecek. Enerji İşleri Genel Müdürlüğü, caminin izlenmesi, projelendirilmesi, proje doğrultusunda uygulama yapılması ve kaynak sağlanmasını üstlenecek. Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü'nce Bilim Komisyonu ve Koruma Bölge Kurullarıyla ilgili gerekli işlemler yürütülecek."