Tasarının geneli üzerindeki tartışmaların çoğunluğu, terör örgütü lideri Abdullah Öcalan'a af tartışmasıya gündeme gelen 6'ncı madde üzerinde yoğunlaştı. Komisyonun CHP'li üyeleri, iç hukuk açısından mümkün olmasa da böyle bir düzenlemenin gerçekleşmesi halinde AİHM kararları ve uluslararası hukuk sistemi gereği 6'ncı maddeyle Öcalan'a af gelebileceği endişesi taşıdıklarını dile getirdi. Ak Partili üyeler ise, tasarının bir af niteliği taşımadığını, Türkiye'de hiç kimsenin Öcalan'a affı aklından bile geçirmeyeceğini söyledi. Dört saate yakın süren ikinci toplantının ardından CHP'li üyeler, tasarının hükümet tarafından geri çekilmesini istedi. Adalet Bakanı Cemil Çiçek ise, bunun mümkün olmadığını belirterek, "tasarı Meclis'e gelmiştir, geri çekmek gibi bir niyetimiz yok. Alt komisyonda herkes tasarıya katkıda bulunmalıdır. CHP'ye yakışın da budur" dedi. Ancak CHP, Çiçek'e olumlu yanıt vermedi. CHP Grup Başkanvekili Ali Topuz, Hükümetin tasarıyı geri çekerek, yeniden düzenlemesini istedi. Tasarıyı beş AKP'lilerden oluşan alt komisyon değerlendirecek. Komisyonda CHP'li üye olmayacak.