Buna göre, Milli Güvenlik Kurulu (MGK) Genel Sekreterliği, Milli İstihbarat Teşkilatı Müsteşarlığı (MİT), Toplu Konut İdaresi Başkanlığı (TOKİ) ve Türkiye Yatırım Destek ve Tanıtım Ajansı Başbakan Erdoğan'a bağlı olacak. Genelgeye göre, Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç Danıştay ve ilişkilerden, Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu, Vakıflar Genel Müdürlüğü, Basın-Yayın ve Enformasyon Genel Müdürlüğü, Türkiye Radyo-Televizyon Kurumu Genel Müdürlüğü, Anadolu Ajansı T.A.Ş Genel Müdürlüğü ve Radyo ve Televizyon Üst Kurulu'ndan Arınç sorumlu olacak. Başbakan Yardımcısı Ali Babacan ise ekonomik konularda genel koordinasyonu ile görevli olurken, Babacan'a bağlı kurum ve kuruluşlar şöyle belirlendi: ''Hazine Müsteşarlığı, T.C Merkez Bankası, T.C Ziraat Bankası Genel Müdürlüğü, Türkiye Halk Bankası A.Ş Genel Müdürlüğü, Türkiye Kalkınma Bankası A.Ş Genel Müdürlüğü, Türkiye İhracat Kredi Bankası A.Ş Genel Müdürlüğü, Türkiye Vakıflar Bankası T.A.O Genel Müdürlüğü, Sermaye Piyasası Kurulu Başkanlığı, Bankacılık Düzenleme ve Denetleme Kurumu, Tasarruf Mevduatı Sigorta Fonu.'' -''TERÖRLE MÜCADELE YÜKSEK KURULU BAŞKANLIĞI'' ATALAY'A BAĞLANDI- Başbakan Yardımcısı Beşir Atalay, Kıbrıs ile ilgili koordinasyon işleri, Terörle Mücadele Yüksek Kurulu Başkanlığı, Milli Güvenlik Kurulu'nun tavsiye kararlarının ve görüşlerinin değerlendirilmek üzere Bakanlar Kurulu'na sunulması ve Bakanlar Kurulu'nda kabulü halinde bu tavsiye kararlarının uygulanmasının koordinasyonu ve izlenmesi, İnsanlar hakları ile ilgili kurullar ve insan hakları ile ilgili konuların koordinasyonu ile Medeniyetler İttifakı Projesi'nin yürütülmesinden sorumlu olacak. Atalay'a, Kamu Düzeni ve Güvenliği Müsteşarlığı, Afet ve Acil Durum Yönetimi Başkanlığı, Tanıtma Fonu Kurulu Sekreterliği de bağlı olacak. Başbakan Yardımcısı Bekir Bozdağ ise TBMM ile ilişkilerden sorumlu olacak. Diyanet İşleri Başkanlığı, Türk İşbirliği ve Kalkınma İdaresi Başkanlığı, Yurtdışı Türkler ve Akraba Toplulukları Başkanlığı da Bozdağ'a bağlandı. Öte yandan Avrupa Birliği makamları ile yapılacak tam üyelik müzakerelerinde ''Müzakere Heyeti Başkanlığı'' ve ''Başmüzakereci'' görevi Avrupa Birliği Bakanı tarafından yürütülecek. Kamu görevlileri sendikaları ile ilgili faaliyetlerin koordinasyonu ile kamu toplu iş sözleşmelerinin koordinasyonu Çalışma ve Sosyal Güvenlik Bakanı; akaryakıt kaçakçılığı ile mücadele çalışmalarının koordinasyonu ise Gümrük ve Ticaret Bakanı tarafından yapılacak.