Mehmet Ali Ağca'nın tahliyesi sırasında Türk bayrakları ile tezahürat yapılmasının kendisini rahatsız edip etmediğinin sorulması üzerine de Gül, bu olayın kendisine 1970'li yılları hatırlattığını, o yılların Türkiye için büyük kayıp olduğunu ve Türkiye'nin artık o günlere hiç dönmemesi gerektiğini belirtti. Gül, Ağca ile ilgili son kararı mahkemelerin vereceğini,mahkemeler ve kanunların kişilere göre özel biçimde uygulanamayacağını kaydederek, ''Yargıtay'ın vereceği karar kesin bir karar olacaktır'' dedi.Gül, hükümetin yargıda köklü reformlar yaptığını, ancak af yasalarının daha önceki hükümetler döneminde çıkarıldığını ve birçok şeyi dejenere ettiğini belirterek, ''Af yasaları Türkiye'de suçu teşvik etmiştir. Ama şunu da unutmayalım ki af yasaları çıkarken çok büyük destek görmüştür, hatta siyaset baskı altına alınmıştır. O açıdan biz her türlü affa karşıyız. Çünkü insanlar suç işlerlerse suçun cezasını çekeceklerdir. Caydırıcılık böyledir'' dedi.