Ergenekon örgütünün, 57. Hükümetin Başbakan’ı olan rahmetli Bülent Ecevit'i devirmeye çalıştığının ortaya çıkması, Ecevit'in sağlığı üzerinden yapılan spekülasyonu ve Ecevit'in Başkent Hastanesi'nde yaşadıklarını bir kez daha hatırlattı. Ecevit, adeta sağlam girdiği Başkent Üniversitesi Hastanesi’nden, hasta çıkmıştı. Tedavisini yarıda keserek doktorlarını değiştiren Ecevit kısa bir süre sonra sağlığına kavuşmuştu. Ergenekon soruşturması, Türkiye'nin yakın tarihinde yaşanan başka bir darbe girişimini daha ortaya çıkardı. 57. hükümetin Başbakan'ı olan Bülent Ecevit, görevden uzaklaştırılarak yerine Başbakan Yardımcısı Hüsamettin Özkan getirilmek istenmişti. O dönemde koltuğunu Özkan'a devretmek istemeyen Ecevit, 4 Mayıs 2002'de aniden rahatsızlandı. Prof. Dr. Mehmet Haberal'ın sahibi olduğu Başkent Üniversitesi Hastanesi'ne kaldırılan Ecevit'e bağırsak iltihabı teşhisi konuldu. Bir gün sonra hastaneden çıkan Ecevit, Oran'daki konutunda dinlenmeye çekildi. Ancak; iki gün sonra evde sırtını çarpması sonucu kaburgasının kırıldığı açıklandı. 17 Mayıs 2002'de yeniden aynı hastaneye giden Ecevit, hastanede kaldığı 11 günde daha da kötüleşti. Kemik erimesi olduğu söylenen Ecevit'in kaburgalarının kırıldığı haberleri medyada yer alıyordu. Ülkenin Başbakanı'nın ayakta dahi duramadığı dedikoduları, Ecevit'e yönelik "Çekil" çağrılarını güçlendiriyordu. 27 Mayıs 2002'de sürpriz bir karar alan Ecevit, 11 gün kaldığı hastaneden ayrılarak evine gitti. Ecevit, adeta sağlam girdiği hastaneden çıkarken, çok bitkin bir vaziyetteydi. Bu tarihten sonra Başkent Hastanesinden evine gelen doktorları kabul etmeyen Ecevit, hayret edici bir biçimde giderek iyileşiyordu. Kısa bir süre sonra Bülent Ecevit'in tedavisini; Şu anda DSP Milletvekili olan Dr. Mücahit Pehlivan'ın üstlendiği öğrenildi. Ecevit, 11 Temmuz 2002'deki randevuya gitmeyerek Başkent Hastanesi ve Prof. Mehmet Haberal ile bağlarını tamamen kopardı. Ecevit'in Başkent Hastanesi'nden adeta kaçmasının sırrı dönemin DSP Grup Başkanvekili Emrehan Halıcı'nın açıklamalarıyla ortaya çıktı. Başkent Hastanesi'ni suçlayan Halıcı, Bülent Ecevit'in 11 Temmuz 2002'deki son randevuya gitmemesinin nedenini "Gitseydi, kendisine 'çürük' veya 'iş göremez' raporu verilecek ve bu rapora dayanılarak Başbakanlıktan düşürülecekti" sözleriyle açıkladı. O dönemde Ecevit'in çok itimat ettiği Halıcı'nın bu sözleri; bir Başbakan'ın iktidardan nasıl uzaklaştırılmak istendiğini gözler önüne seriyordu. Öte yandan, Mehmet Haberal'ın sahibi olduğu Patalya Oteli'nin de daha önce ilginç bir toplantıya ev sahipliği yaptığı ortaya çıkmıştı. Ergenekon'la bağlantılı bazı isimlerin, AK Parti'yi iktidardan uzaklaştırmak için plan yaptıkları toplantıları Patalya Otel'de gerçekleştirdikleri iddia edilmişti.