Merkez Yönetim Kurulu'nun (MYK) görevden aldığı 9 il ve yaklaşık 100 ilçe yönetimi, mahkeme kararıyla göreve iade edildi. CHP, 22 Temmuz seçiminde aldığı yenilginin faturasını, parti örgütlerine kesmiş ve çok sayıda yönetimi feshetmişti. Mart 2008'de yapılacak kurultay öncesi MYK kararlarıyla 40'ı aşkın il ve yüzlerce ilçe yönetimi görevden alındı. Ancak Deniz Baykal'la liderlik yarışına giren Samsun Milletvekili Haluk Koç'un başlattığı hukuk mücadelesi, genel merkezin planlarını bozdu. Görevden alınan bazı örgütlerin mahkemeye yaptıkları başvurular haklı bulununca, 9 il ve 100'e yakın ilçe yönetimi görevlerine iade edildi. Genel merkez ise aynı kadroları yeniden görevden alma taktiği uyguluyor. Kars merkez ilçe yönetimine yönelik bu tavır, 4 kez tekrarlanıp her seferinde mahkemeden döndü. Son olarak aynı yönetim ihraç talebiyle disipline sevk edildi. Benzer durum İzmir'de de yaşandı. CHP yönetimi, il yöneticilerinin mahkeme kararıyla geri dönmeleri üzerine olağanüstü toplanarak, aynı kararı tekrar aldı. CHP'deki olaylar, parti tabanında büyük sıkıntı oluştururken, yöneticiler arasında da tartışmalara sebep oluyor. Bunun en somut örneği İstanbul'un bazı ilçeleri ve Ankara'nın Çankaya ilçesinde yaşandı. İstanbul'daki 16 örgütün görevden alınması üzerine partinin MYK üyesi Güldal Okuducu, kadın kolları başkanlığı görevinden istifa etti ve Baykal'a sert eleştiriler yöneltti. Çankaya İlçe Başkanı Mustafa Yıldırım'ın görevden alınması ise Genel Sekreter Önder Sav ile Genel Başkan Yardımcısı Eşref Erdem'i karşı karşıya getirdi. Baykal'ın kurmaylarından olan Erdem, bu olay sonrası tüm görevlerinden istifa etti. CHP Ümraniye eski ilçe başkanı Erdoğan Mert ise kongrenin önüne geçmek için ilçe seçim kuruluna başvurdu. Partiye üye olmayan 78 kişinin delege olarak listelerde yer aldığını iddia eden Mert, bu isimlerin delegeliklerinin düşürülmesini istedi. Mert, partide büyük bir hukuksuzluk yaşandığını savundu. Bu arada, İstanbul 12. Asliye Hukuk Mahkemesi, il başkanlığı tarafından atanan CHP Zeytinburnu ilçe yönetiminin olağan kongreyi toplamaya yetkisi olmadığı yönünde karar verdi. CHP de bu karara itiraz etti.