Sarayın hazinelerinin sergilendiği Fatih Köşkü güvenlik gerekçesiyle kapatıldı. Köşkün bodrum duvarlarında ve tavanlarında yarıklar tespit edildi. Kültür ve Turizm Bakanlığı acil müdahale başlattı. Raporda "Deformasyonların büyüklüğü çatlak boyutunu aşarak ayrık ve yarık seviyelerine geldiği gözlemlenmiştir” dendi. 

Hürriyet'ten Ömer Erbil'in haberine göre, yıllardır 'makyaj' restorasyonlar ile ayakta tutulmaya çalışılan Topkapı Sarayı Müzesi’nin taşıyıcı duvarlarında büyük yarıklar oluştu. Hazine bölümünün sergilendiği Fatih Köşkü’nün bodrum katındaki duvarlarda çimento sıvaların sökümü sırasında tesadüfen ortaya çıkan yarıklar Topkapı Sarayı’nda endişeye neden oldu. Sarayın 3. avlusunda yer alan ve en önemli eserlerin sergilendiği hazine bölümü güvenlik nedeniyle ziyarete kapatıldı. Paha biçilmez hazineler sarayın güvenli depolarına taşındı. 13 Mayıs 2016 tarihli uzman raporunda, “Çalışma yapılan söz konusu mahallerde raspa sonrası ortaya çıkan deformasyonların büyüklüğü çatlak boyutunu aşarak ayrık ve yarık seviyelerine geldiği gözlemlenmiştir” dendi. 

Geçen nisan ayının başında Gülhane Parkı’nın denize bakan kısmında çay bahçesinin duvarı göçmüştü. O tarihte müze yetkilileri yaptıkları açıklamada “Aynı aks üzerinde bulunan Konyalı Restoran’ın duvarının da çöktüğünü, sarayın denize bakan yamacında risk incelemesi yapacaklarını” duyurmuşlardı. İncelemede çöken duvarlarla aynı paralelde bulunan Fatih Köşkü’nün bodrumlarında başladığı tespit edildi. Duvarlarda küçük kılcal çatlaklar gibi duran sıvalar kaldırdıklarında, altından çıkanmanzara korkunçtu. Kılcal çatlakların altında kol girecek kadar büyük yarıklarla karşılaşıldı. Öyle ki bazı taşıyıcı duvarlarda oluşan boşluklar nerdeyse dışarıyı gösterecek boyutlardaydı. Uzmanları ürperten bu durum Kültür ve Turizm Bakanlığı’na bir raporla bildirilerek derhal hazine bölümünün ziyarete kapatılması istendi. Bakanlık çökme riskine karşılık müzenin hazine bölümünü 13 Temmuz’da ziyarete kapattı. Topkapı Sarayı Hançeri, Kaşıkçı Elması, Nadir Şah Tahtı, Zümrüt Sorguç, Zümrütlü Maşrapa, Altın Miğfer, Hz. Osman’ın Kılıcı, Abanoz Taht gibi paha biçilmez Osmanlı hazinesi başka bölüme taşınarak koruma altına alındı. Sarayın restorasyonu için çalışma başlatıldı.

İstanbul 4 Numaralı Koruma Kurulu’na durum fotoğraflı bir raporla bildirilerek detaylı inceleme için izin talep edildi. Sorunun tespitinde zeminsel etkilerin ağır bastığı, yakın zamanda bölgede oluşan istinat duvarındaki yıkılmaların da zemin kaynaklı olduğu görüşü kabul edildi. Koruma Kurulu’nun izniyle yapılan incelemelerde 1940-1960 yıllarında yapılan kubbe ve tavanların betonla kaplanmasının binaya ağır yük getirdiği,son yıllarda Marmara Denizi’nde oluşan sismik hareketliliğin etkisinin binayı çökme noktasına getirdiği sonucuna varıldı. Acil müdahale için önce zemin etüdü yapılacağı ve ardından da bekletmeden zemin sağlamlaştırmasına geçileceği bildirildi.  Yetkililer sarayın içinde bulunduğu durumda 5 büyüklüğünde bir depreme bile dayanamayacağını, vakit geçirmeden müdahale gerektiğine dikkat çekiyorlar. Koruma Kurulu’ndan bir yetkili de durumun aciliyetini fark ettiklerini ve bu nedenle kararların geciktirilmeden alındığını söyledi. Fatih Köşkü’nün onarımı için yaklaşık 10 milyon liraya ihtiyaç olduğu bildirildi.