İddiaya göre Armağan’ın görevden alınmasına neden olan süreç derginin ‘hilafet’ sayısı hazırlamasıyla yaşandı. Armağan’ın bu sayıyı yönetimden habersiz hazırladığı ve bunun rahatsızlığa neden olduğu iddia edilirken, dergi de toplatıldı. AKP'ye yakın Superhaber sitesinin aktardığına göre Mustafa Armağan da kovuldu. Bu iddialarla ilgili Mustafa Armağan ya da Derin Tarih’ten herhangi bir resmi açıklama gelmedi.
Mustafa Albayrak’ın imtiyaz sahibi olduğu ve genel yayın yönetmenliğini Kemal Özer’in üstlendiği Gerçek Hayat adlı dergi 27 Temmuz tarihli sayısında ‘hilafet’ çağrısı yapmıştı. Derginin 27 Temmuz-2 Ağustos 2020 tarihlerini kapsayan sayısını kapağında, “Şimdi değilse ne zaman, sen değilsen kim? Hilafet için toparlanın” sözlerine yer verilmişti.
AKP Sözcüsü Ömer Çelik, “Türkiye’nin siyasal rejimiyle ilgili siyasal kamplaşma üretmek yanlış. Cumhuriyetimiz tüm nitelikleriyle gözbebeğimiz. Dünden beri sosyal medyada siyasal rejimimizle ilgili ortaya çıkan sağlıksız tartışma ve kamplaşma, Türkiye’nin gündemi değildir” demişti.
Gerçek Hayat adlı derginin imtiyaz sahibi olan Mustafa Albayrak, aynı zamanda Yeni Şafak gazetesinin İcra Kurulu Başkanlığı görevini de yürütüyor. Dergi 2000 yılında yayın hayatına başlarken, ilk olarak Hakan Albayrak’ın önderliğinde yayımlandı. Dergide İsmet Özel gibi isimler de yer aldı. Gerçek Hayat, 2016 yılında Albayrak Medya Grubu bünyesine katıldı.