2013 yılında Ayrılıkçeşmesi ile Kazlıçeşme arasında 5 istasyonda yolcu taşımacılığına başlayan Marmaray raylı sistem hattında, ücret tarifeleri UKOME tarafından aktarma ücreti uygulanacak şekilde belirlenmişti. 2019 yılı mart ayına kadar aktarma ücreti bu şekilde uygulanmıştı. 2019 yılında Gebze-Halkalı arasında 43 istasyonun tamamının işletmeye alınmasının ardından, bir önceki İBB yönetiminin aldığı UKOME kararıyla, Marmaray Hattı'nın “aktarma almayacağı, aktarma vereceği” karar altına alınmıştı.

Yeni İBB yönetiminin, şubat 2020'de UKOME'ye sunduğu teklifle, Marmaray'ın yeniden aktarma uygulamasına dahil edilmesi sağlandı. Böylece İstanbulluların aktarma imkânı ile daha uygun bir ücret ödeyerek, Marmaray'dan faydalanmaları sağlandı. Hat, diğer tüm raylı sistem hatlarının yanında, metrobüs, otobüs ve minibüs hattıyla entegre hale getirildi. Alınan kararla, metrobüsün yoğunluğun bir kısmının Marmaray hattına kaydığı da tespit edildi.

Ancak, TCDD tarafından açılan dava sonucunda; Temmuz 2020'de UKOME kararında yer alan elektronik bilet ücret düzenlemelerinin Marmaray ile ilgili hükümler içeren kısımlarının yürütmesinin durdurulmasına karar verildi. İBB, hemen Bölge İdare Mahkemesi'ne itirazda bulundu ve koşulları oluşmayan yürütmenin durdurulması talebinin reddine karar verildi. 6 Kasım tarihinde, İstanbul 10. İdare Mahkemesi TCDD'nin açmış olduğu davaya istinaden, “TCDD'ye ağır külfet getireceği ve bu düzenlemenin hangi sebeple yapıldığı somut tespitlere yer verilmediği” gerekçesiyle, yeniden yürütmenin durdurulmasına karar verdi. İBB, bu kararı da Bölge İdare Mahkemesi'ne taşıdı ve hukuki süreç devam ediyor.

İBB Ulaşım Daire Başkanlığı; yolculukların tek biletle sağlanması ve vatandaşların ulaşımının en ekonomik şekilde sağlanması amacıyla, Marmaray hattının aktarma almaya devam etmesi konusunu, 26 Kasım'da UKOME gündemine taşıdı. Ancak yapılan oylama sonucunda, İBB temsilcilerinin dışında kalan merkezi yönetim temsilcilerinin oyu ile Marmaray hattında “aktarma alır” uygulamasının reddine karar verildi. Yarından itibaren Marmaray'da seyahat eden İstanbullular, ne kadar durak gittiği fark etmeksizin 7,00 TL ücret ödeyecek. Marmaray'dan sonra metro ve otobüs gibi diğer toplu ulaşım araçlarında yapılan yolculuklarda ise aktarma indirimi devam edecek.

Bugün sona erecek “Aktarma alır” uygulamasıyla, Marmaray'a aktarma yapan tam İstanbulkart kullanan bir vatandaş, 3,50 TL metro ücreti ödedikten sonra 3,50 TL daha ücret ödeyerek yolculuğunu Marmaray Hattı'nda ne kadar durak gittiği fark etmeksizin 7,00 TL toplam ücretle tamamlıyor. Seyahat 3,50 TL daha ucuza yapılabiliyor. Marmaray'ın aktarma sistemine dahil edilmesinin hemen ardından 19 Şubat 2020 tarihinde merkezi yönetimin yayınladığı genelge ile UKOME'nin üye sayısında değişiklik yapılarak, İBB'nin çoğunluk oyu elinden alınmıştı. Bu karar da İBB tarafından mahkemeye taşındı.