Mehmet Altan, 10 Eylül 2016’da gözaltına alınarak, 22 Eylül’de tutuklandı. Altan, 8 Kasım 2016’da Anayasa Mahkemesi’ne (AYM) bireysel başvuruda bulundu. Hakkında tutukluluğundan 7 ay sonra iddianame düzenlenen Altan’a darbeye ve anayasal düzeni ortadan kaldırmaya teşebbüs etme ve örgüt adına suç işleme suçlamaları yöneltildi. İddianameyi kabul eden İstanbul 26. Ağır Ceza Mahkemesi, Altan’ın sanıkları arasında bulunduğu davanın ilk duruşmasını 19 Haziran 2017’de yaptı. AYM, 11 Ocak 2018’de Altan’ın başvurusunu değerlendirerek, oyçokluğu ile kişi hürriyeti ve güvenliği hakkı ile ifade ve basın özgürlüklerinin ihlal edildiğine karar verdi. Altan’ın avukatlarınca müvekkilinin tutukluluk halinin sonlandırılması için yapılan tahliye talebi yerel mahkeme tarafından reddedildi. 16 Şubat 2018’de de tahliye talebini reddeden mahkeme Altan’ı ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasına çarptırarak tutukluluk halinin sürdürülmesine karar verdi. 20 Mart 2018’de Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi (AİHM), Altan’ın ‘özgürlük ve güvenlik hakkı’ ile ‘ifade özgürlüğü’ hakkının ihlal edildiğine karar verdi. Bu kararın ardından Altan’ın avukatları Adalet Bakanlığı’na ve tutukluluğa devam kararı veren mahkemeye tahliye talebiyle başvurdular.