Ortadoğu Teknik Üniversitesi (ODTÜ) öğretim üyelerinin aralarında bulunduğu 20 kişilik bilim kurulu, binlerce turistin ziyaret ettiği sarayda 1958’den beri devam eden restorasyonların, tarihî yapıya büyük hasar verdiğini tespit etti. Duvar yüzey kaplamasında dökülme, duvarlarda çatlak, su sızıntısı ve çatının yapısal taşıyıcı sistemindeki bozukluk hasarlardan sadece birkaçı. ODTÜ'lü hocalar sarayda yaptıkları incelemelerde belirledikleri hataları raporlaştıracak. Ağrı Turizm ve Kültür Müdürü Muhsin Bulut, bundan sonraki restorasyonun uzmanların hazırlayacağı rapora göre yürütüleceğini söyledi. Ağrı Valisi H. İbrahim Akpınar da restorasyon çalışmalarına kurulun el koyduğunu doğrulayarak, “Önceki dönemlerde yapılan hatalar bu kez yapılmayacak.” dedi. ODTÜ Mimarlık Fakültesi Öğretim Üyesi ve Ağrı Valiliği Bilimsel Kurulu Üyesi Prof. Dr. Emine Caner Saltık ise saraydaki restorasyonun tamamen yanlış olduğunu belirterek, “17. yüzyıldan kalan bir miras için daha dikkatli olunmalıydı. Çünkü bu gibi yapıtlar bozulduğu zaman eski haline getirmek zor. Tahribatsız analizler ve kızılötesi ısı görüntüleme yapacağız. Ama acil olarak sarayın çatı probleminin çözülmesi gerekiyor.” bilgisini verdi. Bu arada geçen yıl sarayı gezen Kültür ve Turizm Bakanı Atilla Koç, restorasyonun iyi yapılmadığından yakınmıştı. Ağrı Valiliği de bunun üzerine ODTÜ ile bilimsel kurul oluşturmuş ve sarayla ilgili yeni bir restorasyon çalışmasına karar vermişti. Sarayın çatısı çöktü Ağrı’nın Doğubayazıt ilçesinde etkili olan hortum, İshakpaşa Sarayı'na zarar verdi. Doğubayazıt’ta önceki gün öğleden sonra başlayan yağmur ve fırtınanın etkisiyle sarayın giriş kapısının sol tarafındaki çatı çöktü. Ağrı Turizm ve Kültür Müdürü Muhsin Bulut, “İshakpaşa Sarayı hortumdan ciddi şekilde etkilendi ama çok şükür can kaybı yaşanmadı. Çatı 1999-2000 yıllarında yapılmıştı.” diye konuştu.