Bir süre önce ortaya atılan “Müzenin dış cephesi, Ortodoks ibadethanelerinin ortak rengi olan ‘gülkurusu’ renginde boyandı.” şeklindeki iddialar, konunun Meclis gündemine getirilmesine sebep olmuştu. Kültür ve Turizm Bakanı Atilla Koç, Ayasofya’nın orijinal renginin tespit edilmesi için çalışma yaptıklarını, bu çerçevede binanın yeniden boyanacağını açıkladı. İddialara göre “Ayasofya, kilise olduğu dönemde gülkurusu rengine sahipken, Osmanlı döneminde camiye çevrildikten sonra sarıya boyandı. Ancak 1986’daki son restorasyonunda Ortodoks dünyasının yönlendirmesiyle yeniden gülkurusu rengine büründü.” Bu yılın başında ortaya atılan iddiaları AK Parti Adana Milletvekili Atilla Başoğlu, Kültür ve Turizm Bakanı Atilla Koç’a sordu. Bakan, verdiği cevapta iddiaları yalanladı; ancak binanın orijinal renginin de araştırıldığını belirtti. Son restorasyonun 1986 yılında Taşınmaz Kültür ve Tabiat Varlıkları İstanbul Bölge Kurulu kararıyla yapıldığını hatırlatan Koç, binanın bir yıl içinde yeniden boyanacağını duyurdu. Atilla Koç, 1986’da binanın dış cephesinde gülkurusu rengi kullanılmasının sebebini şöyle açıkladı: “Zamanla aşınan sarı badanalı çimento, sıvalı yüzeyin üzerine horasan harcı rengine en yakın olan gülkurusu renginin kullanımı yoluna gidilmesiyle ilişkilidir. Tarih boyunca pek çok onarım geçirmiş olan Ayasofya’nın cephe kaplamaları ve rengi çok kez değiştiği gibi, en son yapılan güneybatı cephesi restorasyonlarında bina üzerinde yapıya zarar veren çimento sıva sökülmüştür. Bugün cami ya da müze olarak kullanılan pek çok Bizans yapısında olduğu gibi binanın, badanalı sıvalarının arındırılarak orijinal tuğla dokusuyla kendi renk etkisini belirlemesi amaçlanmıştır.” Bakan Koç, İstanbul İl Özel İdaresi’nin 2006-2007 yılı bütçe programında Ayasofya’nın dış cephe onarımlarına yer verdiğini de açıklayarak, bu kapsamda orijinal yüzey renginin araştırıldığını ve çalışmaların bu doğrultuda devam edeceğini ifade etti. ZAMAN