Bu durum, kayyım kararının başka bir dosyadan ‘kopyala yapıştır' şeklinde alıntı yapılmış olabileceği ihtimalini doğurdu. Kararda, Koza İpek Vakfı'nın 2016/28D dosya numarasının yerine ‘'Esas Karar No: 2010/133 Esas'' şeklinde başka bir dosya numarasının bilgisi yer aldı. 

Eğitim kurumlarına ait vakıf yönetimlerinde yöneticilere 200 lira ile 500 lira arasında bir bedel ödenirken, mahkemenin atadığı kayyımlara 5 bin lira takdir edildi. Vakıflarda böyle bir uygulamaya rastlanmıyor. Koza İpek Vakfı'na daha önce Koza Holding ve bağlı şirketler üzerinden kayyım ataması yapılmıştı. 

Vakıflar Genel Müdürlüğü'nün talebiyle yapılan son atamayla birlikte vakfa ‘kayyım üstüne kayyım' atanmış oldu. Bu son atama işleminde üniversite vakfında herhangi bir usulsüzlüğe rastlamayan başmüfettiş Murat Ceylan'ın raporuna göre değil, sonrada görevlendirilen vergi müfettişi Barış Özelmacıklı'nın raporu esas alındı. Kayyım atanan vakfın bir de camisi bulunuyor. Akın İpek'in babası Merhum Ali İpek adına yaptırılan Etimesgut'taki Ali İpek Camii'nin açılışına devlet erkanı akın etmişti. 2012 yılında caminin açılışını aileyle birlikte, TBMM Başkanı Cemil Çiçek, Başbakan Yardımcısı Bülent Arınç, AKP Genel Başkan Yardımcısı Hüseyin Çelik ve Diyanet İşleri Başkanı Mehmet Görmez yapmıştı. Cuma günü açılışı yapılan camide hutbe veren Diyanet İşleri Başkanı Görmez, İpek ailesinin hayırlarından övgüyle söz ederek, “Kalpleri imar edemeyenler binaları ve şehirleri imar edemezler” demişti.

Koza İpek Holding Yönetim Kurulu Başkanı Akın İpek, Koza İpek Vakfı'na kayyım atanmasına tepki gösterdi. Twitter hesabından açıklama yapan İpek, öğrencilere de şu duygusal mesajı gönderdi: “Müsterih olun, geldikleri gibi giderler. Aday olanlar tercihlerini değiştirmesin. Aksine kendilerine ait olan İpek Üniversitesini doldursunlar. Bir hayalim vardı, dünyanın en güzel ve işlevsel üniversitesini kurup size layık olduğunuz imkanları sağlamak. Biliyorum ki sizlere imkan sağlanırsa sadece kendi döneminizi değil sonraki nesilleri de aydınlatacak eserler çıkaracaksınız. Hayatta ne olursa olsun dosdoğru olmaktan vazgeçmeyin.”

Ankara'daki Koza İpek Vakfı'nın çatısı altında Melek İpek Kız Öğrenci Yurdu, Ali İpek Erkek Öğrenci Yurdu, Melek İpek İlk Ortaokulu, Ali İpek Camii, İpek Üniversitesi yer alıyor. Bunun yanı sıra Kahramanmaraş'taki Melek İpek İlköğretim Okulu, Melek İpek İlköğretim Okulu, Melek İpek Kültür Merkezi, Ali İpek Erkek Öğrenci Yurdu'nun da bulunduğu 12 önemli kurum ve kuruluş yer alıyor. Tamamen İpek Ailesi'nin bağışlarıyla kurulan ve hizmet veren vakıf kurulduğundan bu yana hiçbir şekilde başka bağış kabul etmedi.