Örgütlü suçlara (darbe, terör, uyuşturucu çetesi, çıkar amaçlı suç örgütü) ilişkin yeni açılan soruşturmalar ve davalar, bu mahkemelerde görülecek. Kaldırılan özel yetkili mahkemeler ise ellerindeki dava dosyaları bitene kadar örgütlü suçlara ilişkin yargılama yapmaya devam edecek. Yani bölgesel terör mahkemelerine atanmayacaklar. Özel yetkili savcılar arasında ise terör konusunda uzman olanların yeni mahkemelere atanacağı ifade ediliyor. Burada önemli bir nokta var. Ellerinde önemli soruşturmalar bulunan özel yetkili savcıların bölgesel mahkemelere atanması olumsuzluk doğurabilir. Çünkü, bu savcıların uzun zamandır yürüttüğü kapsamlı soruşturmalar el değiştirirse, süreç uzayacak, iddianamenin hazırlanması gecikecek. Tutuklu şüphelilerin hakları da ihlal edilmiş olacak. Özel yetkili savcılıklarda şu anda kamuoyunda bilinen 28 Şubat, Yazıcıoğlu kazası ve askerî casusluk başta olmak üzere çok sayıda kapsamlı soruşturma yürümekte. Başta bu dosyalar olmak üzere, Albay Kazım Çillioğlu soruşturması gibi çok sayıda dosyanın gelinen nokta dikkate alınarak herhangi bir akamete uğramamaları için el değiştirmemeleri gerek. İzmir özel yetkili savcılığı, askerî casusluk soruşturması kapsamında Türkiye genelinde 4 ayrı operasyona imza attı. 34'ü muvazzaf asker olmak üzere 68 şüpheli tutuklandı. Özel yetkili mahkemeler kapsamında askeri casusluk suçunda askerler için yargılama izni talebinde bulunulmuyordu. Savcı, doğrudan harekete geçiyordu. CMK 250 yerine getirilen kanunda ise askerî casusluk suçunda askerler için izin alınması kuralı getirildi. Yeni düzenlemede, Türk Ceza Kanunu'nun (TCK) "Siyasal veya askerî casusluk" başlıklı 328'inci maddesi, doğrudan soruşturulacak suçlar kapsamından çıkarıldı. Şimdi savcılık zaten 34 muvazzaf asker için izin talebiyle Genelkurmay Başkanlığı'na başvuracak. Bunun yanında, ayrıca dosyanın el değiştirmesi dosyaya iki kat zarar vermiş olacak. Dört ayrı operasyona imza atmış, kapsamlı dosyaya vâkıf olan savcının gidip yeni savcının gelmesi, soruşturmayı uzatacak bir işlem. Şüphelilerin daha uzun tutuklu kalmasına neden olacak. Öte yandan yine Ankara özel yetkili savcılığının yürüttüğü 28 Şubat soruşturması da ciddi bir aşamada. 59'u muvazzaf ve emekli asker olmak üzere 61 tutuklu şüphelisi var. Bu soruşturmanın el değiştirmesi de maddî gerçeğe ulaşmanın önüne engeller koyacak. Aylardır süren soruşturma yeni bir savcıya devredildiğinde, dosyanın bütün olarak anlaşılabilmesi zaman alacak. 61 tutuklu şüpheli hakkında iddianamenin hazırlanmasının da gecikmesi ihtimali doğacak. Bu şekilde, sanıkların hakim önüne çıkması uzun zaman alacak. Bunun yanında yine, özel yetkili savcılıktaki Muhsin Yazıcıoğlu'nun hayatını kaybettiği helikopter kazasıyla ilgili soruşturma da önemli. Mart 2011'de özel yetkili savcılıkça başlatılan soruşturmada 3 muvazzaf asker tutuklu. Terör örgütü üyeliğinden şüpheli bulunan askerlerin aralarında bulunduğu şüphelilerin yer aldığı ve 15 aydır süren soruşturma da başka savcıya verilebilir. TMK'nın 10'uncu maddesi kapsamında kurulacak mahkemelere yapılacak atamalarda bütün bu noktalar dikkate alınmalı. Zira mevcut soruşturma dosyalarını etkilemeyecek azami özenin gösterilmemesi, yargının üzerinde soru işareti bırakmaması açısından önem taşıyor.