Ancak şartnamede yine TÜBİTAK'ın ürettiği Akıllı İşletim Sistemi (AKİS) zorunlu tutulmadı. Darphane'nin bağlı olduğu Hazine Müsteşarlığı, böyle bir zorunluluk koymanın kamu ihale mevzuatına aykırı olduğunu savunuyor. Ancak Zaman'a konuşan müsteşar yardımcısı Feridun Bilgin, bundan sonraki ihalelerde zorunluluk uygulanacağını bildirdi. İçişleri Bakanlığı Nüfus ve Vatandaşlık Hizmetleri Genel Müdürlüğü, geçtiğimiz mayıs ayında yaptığı e-kimlik ihalesinde, AKİS'in kullanılması zorunluluğu getirmişti. Bu yeni ihalenin perde arkasında, Zaman'ın peş peşe haberlerinin ardından ilk ihalenin sonucunun Kamu İhale Kurumu (KİK) tarafından iptal edilmesi yatıyor. 22.12.2011 tarihinde yapılan ilk ihalede, 10 yıl süre ile 5 milyon adet çipli pasaport üretimi işini, yaklaşık 7,7 milyon Euro karşılığında Fransız Gemalto firması kazanmıştı. Ancak önerilen çiplerin şifresinin kırılmış olması ve güvenlik zaafı taşıması sebebiyle KİK tarafından ihale sonucu değiştirilmişti. İhale, ikinci sıradaki IRIS firmasına kalmıştı. Malezya'da üretim yapan Çin firması IRIS'in ilk siparişleri ancak 11 Eylül'de teslim edebileceğini açıklamasının ardından pasaport krizi baş göstermiş ve stoklardaki erime nedeniyle Emniyet'te uzun bekleme süreleri başlamıştı. Bu nedenle Darphane, çareyi ihalesiz doğrudan alım yönteminde bulmuştu. Asıl sıkıntının temmuz ve ağustos aylarında yaşanacağı belirtiliyordu. Bu nedenle 300 bini temmuz, 700 bini de ağustosta teslim edilmek üzere 2 aylık pasaport alınması kararlaştırıldı. Bu aşamada ilginç gelişmeler yaşandı. Özellikle Fransa ile yaşanan 'inkar yasası' krizi sebebiyle itirazlar yükselirken Başbakanlık'tan gizli bir genelge yayınlanarak bütün kamu kurumlarına, 'Fransız firmalarına iş vermeyin' talimatı gitmişti. Bu genelge halen yürürlükte. Ancak Gemalto firması için 'sözlü' olarak askıya alındı. Bu süreç de şöyle gelişti: Hazine Müsteşarlığı, 1 milyon adetlik e-pasaportun önce 600 bini için 5 firmaya davet yazısı gönderdi. Sadece Gemalto ile IRIS teklif sundu. Fakat genelge sebebiyle Fransız şirketi ile sözleşme imzalanamayacağı anlaşılınca pasaport başına 2,66 Euro ile IRIS'le sözleşme imzalandı. Fakat daha sonra İçişleri Bakanlığı bünyesinde yapılan bir toplantının ardından Başbakanlık'tan 'sözlü' olarak izin alındı ve 480 bin adetlik yeni bir davet çıkarıldı. Bu kez Gemalto'ya da davet gitti ve 1,85 Euro ile Fransız firması birinci oldu. Şimdi 4 milyon adetlik yeni ihale için bu firma da yarışacak. Bu ihalenin sebebi ise Gemalto'nun, KİK kararını Bölge İdare Mahkemesi'ni taşımış olması. Hazine Müsteşarlığı'ndan alınan bilgiye göre mahkemenin kararı iptal etmesi halinde Türkiye'nin tamamen pasaport keşmekeşine düşmemesi için böyle bir ihaleye ihtiyaç duyuldu.