İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'ndeki duruşmada, tanık olarak dinlenilen Eymür, 1966 yılından beri istihbaratçı olarak çalıştığını belirterek, meslek hayatı boyunca aktif görevlerde yer aldığını kaydetti. Eymür, mesleğinin son yıllarında terörle mücadele konusunda görev aldığını ifade ederek, en son ABD'ye görevi nedeniyle gittikten hemen sonra da emekli olduğunu belirtti. Mahkeme başkanı Hasan Hüseyin Özese'nin, ''Ergenekon konusunda bildiklerinizi anlatın'' demesi üzerine Eymür, ''Ergenekon'la ilgili çok şey bilmiyorum. Bu yapılanmaya ilişkin soruşturma, ben Amerika'dayken başladı. Bilgilerim genelde kulaktan dolma, duyuma dayalıdır'' ifadesini kullandı. Eymür, davanın sanıklarından Doğu Perinçek ve birçok sanık ile uzun zamandır sorunları olduğunu anlatarak, şunları söyledi: ''Bizi sürekli ifşa ettiler. Terör örgütünün hedefi haline getirdiler. Hala da devam ediyorlar. Yakın zamanda mahkemenizde Alaattin Çakıcı'nın da tanıklığına başvuruldu. Çakıcı'nın anlattıkları bazı basın yayın organlarında yer aldı. Bunların hepsi asılsız, yıpratmak amaçlı yapılan şeyler. Bu iddiaların komik olduğu, yapılan soruşturmalar neticesinde ortaya kondu. İddiaları soruşturan cumhuriyet savcılığı, kovuşturmaya yer olmadığı kararını verdi.'' -''Veli Paşa'yı tanıyorum'' Mahkeme başkanı Özese, sanıklar arasında tanıdıklarının olup olmadığı sorması üzerine Eymür, ''Veli Paşa'yı tanıyorum. Mardin'de birlikte çalıştık. Ben bölge müdürüydüm. O da Mardin tabur komutanıydı. Güler Kömürcü Amerika'da komşumdu. Tuncay Özkan'ı da tanırım'' dedi. Daha sonra mahkeme heyeti başkanı Hasan Hüseyin Özese, soruşturma aşamasında verdiği ifadesini okuyarak Eymür'e eklemek ya da değiştirmek istediği bir şey olup olmadığını sordu. Savcıya kendi ayağıyla gittiğinin söylendiğini belirten Eymür, ''Çok önemli olmamakla birlikte, ben kendi ayağımla giderek ifade vermedim. Savcılığa, çağrılmam üzerine gittim'' dedi. Cumhuriyet savcısı Mehmet Ali Pekgüzel'in, ''Ergenekon'' yapılanmasını ilk ne zaman duyduğunu sorması üzerine Eymür, kural dışı güçler olduğunu bildiğini belirterek, ''Nato örgütlenmesinin isminin Ergenekon olup olmadığını bilmiyorum'' diye konuştu. Eymür, ''Ergenekon'' adını ilk defa ABD'de bulunduğu sırada, 2000 yılından sonra duyduğunu, yöneticilerinin arasında eski bir MİT mensubunun olduğunu öğrendiğini ifade etti. Savcı Pekgüzel'in ilk kez 1997 yılında bazı yazarlar tarafından gündeme getirilen ''Ergenekon'' örgütüne ilişkin MİT'te herhangi bir çalışma yapılıp yapılmadığını sorması üzerine Eymür, şunları kaydetti: ''Genel olarak Susurluk raporunda ismi geçmese bile buna yönelik, siyasi yapılanmaya doğru gidildiği ve ağır silahların kullanıldığı bir çeteleşmeden bahsedildi. Daha sonra bu raporun doğru olduğu da ortaya çıktı. Yapılanmanın ismi ne olursa olsun devletin içinde illegal bir yapılanmaydı. Devletin içindeki kontrolsüz yapıların milli gayelerle kurulsa bile zamanla devletin aleyhine döneceğini düşünüyorum.''