Özel Yetkili Mahkemelerle ilgili yeni düzenlemeyle birlikte darbe araştırmalarının önünün kesildiğini belirte Altan mevcut davaların aynı şekilde devam edecek olmasını çok anlamlı bulmadığını ifade etti. Altan; "Özel yetkili Mahkemelerle ilgili son düzenleme; 27 Nisan e-muhtırasının yargı sürecine gitmesini en azından aşırı derecede zorlaştırıyor. 2.'si 28 Şubat.. 'İşte rövanş aldık bak, bize neler yaptılar, şimdi biz onlara neler yapacağız.' Gösterisi dışında gereken noktada derinleşmeyecektir. " Taraf Gazetesi'nde çıkan bir haberi yeniden gündeme getiren Mehmet Altan, "Kimsenin üzerinde durmadığı çok önemli manşet okudum bu Özel Yetkili Mahkemeler'le ilgili.. Genelkurmay Başkanı'nın Adalet Bakanı'yla görüştüğü haberi çıktı. Mesela bu yalanlanmadı. Demokratik bir ülkede niye Genelkurmay Başkanı Adalet Bakanı'yla görüşür? Biz vesayet falan aşılıyor diyoruz ama benim hissettiğim Sayıştay'da askeri denetimin dışına çıkılması v.s Ordunun belli kademesinin çok rahatlıkla istediklerini yaptırdıkları bir süreçten geçiyoruz. Bunun içinde askeri vesayeti geriletiyoruz propagandası var, rahatsızız bilmem ne ifadalerinin yer aldığı, özel siyasetçilerle konuşmaların sonucu itibariyle, askeriye bugün de istediğini, üstelik hiçbir şey istemiyormuş gibi, çok demokratik olmuş gibi yürütüyor." şeklinde konuştu. Özel yetkili Mahkemelerin denetiminden yolsuzluk, hırsızlık, uyuşturucu v.s denetimi çıkarılmasına anlam veremediğini belirten Altan, "Niye ÖYM'lerin denetiminden çıkarıyorsun? Bu çok ilginç. Bir taraftan aslında siyasal iktidarın kendisine ait bir zırh kalkanı oluşturarak savcıların ellerindeki belgelerle rahatlıkla sorgulama yapamayacağı bir yeni düzenleme de var bunda ve bu Sayıştay denetimlerini de kaldıran son girişimle birlikte okunduğu vakit burada çok garip bir durum var." dedi.