İstanbul 7. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen iddianamede, olayın meydana geldiği 30 Mayıs 2010 tarihinde İsrail Genelkurmay Başkanı olan Rau Aluf Gabiel Ashkenazi, İsrail Deniz Kuvvetleri Komutanı Eliezer Alfred Marom, İsrail Hava Kuvvetleri Komutanı Avishay Levi ve İstihbarat Başkanı Amos Yadlin sanık olarak yer alıyor. Gemideki basın mensuplarının da aralarında bulunduğu 490 kişi ise mağdur ve müşteki olarak iddianamede yer alıyor.