Alkan Cumhuriyet'in ilk yıllarında İstiklal Mahkemeleriyle terör estirildiğini söylüyor. İstiklal Mahkemeleri, genç cumhuriyetin demokrasiyle tanışmasını engelleyen faktörlerden biriydi. Ne zaman alternatif bir parti kurulsa, partinin kurucuları bu mahkemeler aracılığıyla siyasetten tasfiye edildi. Bazı olaylar da gerekçe gösterildi. ''Paşalar davası'' olarak tarihe geçen yargılamada Terakki Perver Cumhuriyet Fırkası'nı kuran Milli Mücadele'nin kahraman isimleri Kazım Karabekir, Ali Fuat Cebesoy, Rauf Orbay gibi Mustafa Kemal Paşa'nın eski silah arkadaşlarının idamı isteniyordu. İsmet İnönü bu girişime itiraz etti ama bu itirazı ona da pahalıya mal oluyordu. Paşalar beraat etti. Ancak Şeyh Sait isyanından Terakkiperver Cumhuriyet Fırkası sorumlu tutuluyordu. Takrir-i Sükun kanununun çıkarılmasıyla süreç Cumhuriyet Fırkası'nın kapatılmasına kadar gitti.