Balyoz davası sanıkları hakkında verilen cezalarla ilgili karar kesinleşmediği için yorum yapamayacağını belirten Kılıç, Yargıtay sürecine dikkat çekti. Kılıç, Balyoz sanıklarının dosyasının Yargıtay süreci tamamlanmadan Anayasa Mahkemesi'nin önüne gelmesinin mümkün olmadığını belirtti. Kılıç, "Ne zaman Yargıtay tarafından onaylanırsa ve temel haklarla ilgili ihlal varsa, gündeme alınır" dedi. Balyoz davası sanıklarının Anayasa Mahkemesi'ne olası bireysel başvurularını da değerlendiren Kılıç, mahkemenin değerlendirmeyi esasen dosya üzerinden yapmak zorunda olduğunu, mahkemeye bireysel başvurularda, davanın geneli üzerinden değil de kişi üzerinden değerlendirme yapılacağını vurguladı. Kılıç, "Balyoz davası sanıklarının tek tek başvuruları onlara bu hakkı vermiyor. Fakat davaya bakan mahkeme, kararı içtihatlar bakımından öyle kabul edebilir" şeklinde konuştu. Tutukluluk konusunun Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nde farklı değerlendirildiğini vurgulayan Kılıç, "AİHM, tutuklulukla temyiz sonunda kesinleşecek kararları birbirinden ayırmış. Eğer tutukluluğa yapılan itiraz reddedilirse, AİHM bunu kesinleşmiş karar olarak kabul ediyor ve değerlendirmeye alıyor. Peki Türk Anayasa Mahkemesi, ne yapacak? Ben bunu bilmiyorum. Çünkü o iki bölümde görev yapmıyorum. Sadece o dairenin de bağlı olduğu Anayasa Mahkemesi'nin Başkanı'yım. O dairelerde duruşmalara katılmadığım için nasıl bir tavır sergileyeceğini bilmiyorum" diye konuştu. Anayasa Mahkemesi sadece başvuran kişi açısından karar vereceğini dile getiren Başkan Kılıç, "Ama bir davada Anayasa Mahkemesi içtihat oluşturursa diğerlerinin müracaatına gerek kalmayabilir" dedi.