12 Eyül davasına bakan Ankara 12'inci Ağır Ceza Mahkemesi, Genelkurmay'a bir müzekkere göndererek darbe dönemine ait bilgi ve belgeleri istedi. Genelkurmay talebe, o dönemde hazırlanan 3 rapor ile cevap verdi. "Türkiye'de Anarşi ve Terörün Durumu" başlığı taşıyan raporlarda 1981, 82 ve 83'te Türkiye'de yaşanan olaylara askerin bakışı anlatıldı. Olayları "anarşi ve terör" başlığında yorumlayan Genelkurmay raporunda, işkence ve kötü muamele olaylarının bir politika değil, münferit olaylar olduğunu savunuyor. Raporlarda 12 Eylül askeri yönetiminin kesinlikle işkence ve kötü muameleye karşı olduğu anlatılıyor. Dahası sorumlulara hesap sorulduğu ileri sürülüyor. Örnek olarak da bazı emniyet mensuplarına ceza verilmesi gösteriliyor. Raporda işkenceye müsamaha gösterilmediği vurgulanmasına rağmen, bu durumla çelişen bakış açısı da gözden kaçmıyor. Genelkurmay raporunda işkencelerin normal karşılanması gerektiğini vurguluyor ve bunun sebebini de "Türkiye yeni savaştan çıktı" şeklinde açıklamaya çalışıyor. Raporda okuyanların hayretle karşıladığı tespitler de var. Genelkurmay o dönemde hazırladığı raporda "darbe anlayışı mutlaka devam etmeli" diyor.