YÖK'ten aldığı denklikle dört yıllık fakülte mezunu sayılan Yıldız, askerliğini 1998'de kısa dönem olarak tamamladı. Ancak 2004'te denkliği iptal edildi. 2 yıl sonra da ailesini haberdar etmesine bile izin verilmeden 'eksik kalan askerliğini tamamlamak' üzere gözaltına alındı ve kışlaya teslim edildi. Her şey Yıldız'ın 6 Aralık 1995'te YÖK'ten denklik belgesi almasıyla başladı. Ancak Yıldız'ın denkliği geçici mezuniyet belgesi ile verilmiş, onay yazısına da diplomadan sonra tekrar müracaat etmesi için not düşülmüştü. Diplomayla birlikte YÖK'e gittiğinde ise sürprizle karşılaştı. YÖK Başkanı Mehmet Sağlam'ın yerine Kemal Gürüz atanmıştı. Doğan Yıldız'ın dramatik hikâyesi 1995 yılında Ezher'den mezun olduktan sonra başladı. O dönem mezun olan Ezherliler gibi Yıldız da YÖK'ten 6 Aralık 1995'te 4 yıllık denklik belgesi aldı. Ancak Yıldız, denkliğini geçici mezuniyet belgesi ile aldığı için aldığı denklik yazısına diplomayı aldıktan sonra tekrar müracaat etmesi için not düşülür. Diplomasını alıp YÖK'e gittiğinde ise büyük bir sürpriz ile karşılaştı. O sırada YÖK Başkanı Mehmet Sağlam gitmiş yerine halen Ergenekon davasında tutuksuz yargılanan Kemal Gürüz gelmişti. Denklik belgelerini yeniden değerlendiren Gürüz, dünyaca ünlü Ezher Üniversitesi'nde 4 yıllık fakülte okuyanları 3 yıl eğitim görmüş gibi muameleye tabi tuttu. Ezher mezunlarından eğitimleri eksik olduğu gerekçesiyle Ankara ve Dokuz Eylül Üniversitesi ilahiyat fakültelerinde bir yıl daha ders almaları şartı getirildi. Yıldız, bu karar üzerine Ankara Üni-versitesi'ne kayıt yaptırdı. Tam bu sırada eski kararını düzelten YÖK, 10 Ocak 1996 tarihinden önce geçici denklik belgesi alanların 1 yıl daha okumalarına gerek olmadığını duyurdu. Ankara Üniversitesi'ndeki kaydını geri alan Yıldız, tekrar YÖK'e denklik belgesi için başvurdu. Böylece 4 yıllık üniversite mezunu olan Yıldız, Milli Eğitim Bakanlığı'na öğretmen olmak için başvurdu. Aynı yıl Kars Arpaçay ilçesinin Tomarlı İlköğretim Okulu'na atandı. Ancak öğretmenlik günleri kısa sürdü. YÖK, Yıldız'ın yine denkliğini iptal etti. Milli Eğitim Bakanlığı Personel Genel Müdürlüğü'nün 1 Eylül 1997 tarihli yazısı ile görevinden alınan Doğan Yıldız, İdare Mahkemesi'ne dava açarak konuyu yargıya taşıdı. Ancak mahkeme, YÖK ve Milli Eğitim Bakanlığı'nın görevden alırken gösterdiği gerekçelerin dışındaki "GİZLİ" belgelere dayanarak aleyhinde karar verdi. Temyiz için Danıştay'a başvuran Yıldız, Temmuz 1998'de kısa dönem olarak askere gitti. Askerliğinin 4. ayında YÖK'ün istemiyle askerliği "kısa dönem"den "uzun döneme çevrildi. Bu karar Yıldız için ilk ciddi şok oldu: "Haberi ilk duyduğumda başımdan aşağı kaynar sular dökülmüş gibi oldum. Çok üzüldüm. Ancak Danıştay'daki dava hâlâ devam ediyordu. Hemen Askerî Yüksek İdare Mahkemesi'ne (AYİM) dava açtım. AYİM denkliğimin iptalinin kesinleşmediği için yürütmeyi durdurdu. Böylelikle 8 aylık ekserlik yaptıktan sonra 15 Mart 1999'da terhis edildim." 28 Şubat kâbusu, askerden sonra ailesi ve çoluk çoğu ile hayatını düzene sokan Yıldız'ın peşini bırakmaz. Danıştay, Yıldız'ın denkliğini iptal ederken AYİM, 2 yıl sonra Danıştay'ın verdiği kararı dayanak göstererek Yıldız'ın askerliğini uzun dönem olarak yapmasını ister. Hakkında çıkarılan arama kararından habersiz 3 çocuğuyla hayatını sürdürmeye çalışan Yıldız, gelişmelerden 2006'da Erzurum'da kaldığı otelde "noksan askerlik hizmeti" gerekçesiyle gözaltına alınıp jandarmaya teslim edildiğinde haberdar oldu. Jandarma tarafından elleri kelepçelenen Yıldız, 72 saat gözaltında tutuldu. 3 günlük nezaret sonrası halk otobüsü tarzında bir araçla Erzurum'dan İstanbul'a elleri kelepçeli yola çıkarıldı. 22 saatlik yolculuk boyunca Yıldız'ın elleri mola yerlerinde dahi açılmadı. Tuvalete bile elleri kelepçeli gitti. İşlemleri tamamlanan Yıldız 8 yıl önce 8 ay yaptığı askerliğinin yanı sıra 6 ay 26 gün daha askerlik yapması için İstanbul 23. Motorlu Piyade Alayı'na teslim edildi. YÖK, 28 Şubat'ın izlerini ortadan kaldıran Yusuf Ziya Özcan döneminin son yılı 2011'de Yıldız durumunda bulunan kişilere lisans tamamlama fırsatı verdi. Erzurum Atatürk Üniversitesi İlahiyat Fakültesi'ne giren Yıldız, 3. kez denkliğini aldı. Ancak yaş sınırını aştığı için öğretmenliğe başvuramadı. Yıldız, başlayan soruşturmayı değerlendirirken kendisine bunları yaşatanların yargılanmasının acısını bir nebze olsun dindirdiğini söylüyor: "Ben 28 Şubat yüzünden anlamsız zorluklarla karşılaştım. Keyfî uygulamalar yüzünden hayatım alt üst oldu. Bu postmodern darbeyi insanlara layık görenlerin mahkemeler önünde hesap vermesini istiyorum."