28 Şubat'tan sonra askerin oluşturduğu önemli bir yapı: BÇG Dönemin önde gelen generallerinden Erol Özkasnak'a göre çalışma grubunun kurulması fikri Çevik Bir'den geldi. BÇG, Oramiral Güven Erkaya'nın komutanı olduğu Deniz Kuvvetleri bünyesinde faaliyet gösterdi. İddialara göre irticai faaliyetleri izlemek için kurulan BÇG, 6 milyona yakın insanı fişledi. Bu fişlemeler sırasında sadece askeri personel değil, ailelerinin de kullanıldığı da iddialar arasında. Yasadışı olarak kurulan BÇG 55. Hükümet yani Mesut Yılmaz'ın Başbakanlığı döneminde Başbakanlık Takip Kurulu'na dönüştürüldü. BÇG, Emniyet İstihbarat Dairesi'nin 1997 yılında ulaştığı belgelerle ortaya çıktı. 16 Nisan 1997 tarihli bütün askeri birimlere gönderilen belgede, laiklik aleyhtarı faaliyetlerin arttığı vurgulanarak camilerin gözetim altına alınması emrediliyordu. Plana göre görevli askeri personel camilere gidecek ve laiklik karşıtı fiil ve sözleri ivedilikle garnizon komutanlıklarına bildirecekti. Diğer belgede öğrenci yurtları, özel okullar, dernekler, vakıflar, Kur'an kursları, imam hatip okulları ve bu kurumlara giden gelenlerin sayısının ve kimliklerinın tespit edilmesi isteniyordu. Emniyet askeri darbe hazırlığı olarak algıladığı belgelerle ilgili bir rapor hazırlayıp dönemin İçişleri Bakanı Meral Akşener, Başbakan Necmettin Erbakan ile Başbakan Yardımcısı Tansu Çiller'e iletti. Erbakan, Cumhurbaşkanı Süleyman Demirel'i BÇG belgelerinden haberdar etti. Demirel de belgelerin birer nüshasını dönemin Genelkurmay Başkanı İsmail Hakkı Karadayı'ya iletti. Genelkurmay TSK'ye ait belgelerin Deniz Kuvvetleri'nden nasıl dışarı çıkarıldığı konusunda soruşturma başlattı. Ve sonuçta Emniyet İstihbarat Dairesi'nde görevli vatani görevini yapan polis kökenli deniz onbaşı Kadir Sarmusak'a ulaşıldı. Bir süre sonra ortaya çıkan başka bir belge ise Sarmusak'ın amiri olan o dönemin Emniyet İstihbarat Daire Başkanı Bülent Orakoğlu'nun askeri savcılık tarafından sorgulanmasına ve hakkında dava açılmasına neden oldu. Bu belgeye göre BÇG'den vali, kaymakan da dahil olmak üzere tüm kamu idareci ve görevlilerinin fişlenmesi isteniyordu. 1997'de Orakoğlu ve Sarmusak yargılanmaya başlandı. Ancak Genelkurmay BÇG belgelerini mahkemeye göndermediği için Orakoğlu ve Sarmusak beraat eti. Davanın hakimi Albay Kurşun 2009 yılında verdiği bir röportajda, kendisine dönemin Genelkurmay Adli Müşaviri Tuğgeneral Erdal Şenel tarafından baskı yapıldığını iddia etti.