Soruşturma başladığından beri, yargılamada olabilecek hemen her türlü kriz çıktı, çıkarıldı. Balyoz darbe planının 20 Ocak 2010'da Taraf gazetesinde yayımlanmasından sonra başlayan soruşturmada ilk büyük krize, 25 general hakkında yakalama kararı çıkarılmasıyla 5 Nisan 2010'da girilmişti. Bu süreçte, İstanbul Başsavcısı Aykut Cengiz Engin, savcılar Bilal Bayraktar ve Mehmet Berk'i Balyoz soruşturmasından alıp yeni savcı görevlendirmiş, 25 general hakkındaki yakalama kararı da kaldırılmıştı. Yine aynı süreçte ikinci kriz yaşanmış, soruşturmanın bir numaralı şüphelisi Çetin Doğan ve beraberindeki tutuklu bulunan şüpheliler, mahkeme heyeti kararına rağmen nöbetçi hakim Oktay Kuban tarafından tahliye edilmişti. Doğan, 3 gün sonra tekrar tutuklanmıştı. Balyoz'da bir sonraki kriz de iddianameyi kabul eden İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi'nin 102 sanık hakkında yakalama kararı çıkarmasıydı. Hukuk karşısında direnen sanıklar soluğu orduevlerinde almıştı. 15 gün askerî birimlerde saklanan sanıklar ardından bir sonraki mahkemenin 2'ye 1 oyla yakalama kararını kaldırmasıyla tutuklanmamışlardı. Ta ki 11 Şubat 2011'de yargılamayı yapan İstanbul 10. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından tekrar tutuklama kararı verilene kadar. Tutuklamalardan sonra sanıklar davanın bir an önce bitmesi için aralarında anlaşıp 5'er dakikalık savunma yaptı. Davanın bir numaralı sanıkları Çetin Doğan, Özden Örnek ve Halil İbrahim Fırtına, uzun savunma yapsa da, 29 Mart 2012'de yapılan 88'inci duruşmada dava esas hakkındaki mütalaa aşamasına geldi. 16 Aralık 2010'da başlayan ve 3 iddianamenin birleşmesi ile sanık sayısı 365'e çıkan davada bu süre oldukça hızlı bir yargılamayı gösteriyordu. Ancak savcının mütalaasından sonra sanıklar birden 180 derece ters bir yönde tavır takındı. O zamana kadar davanın bir an önce bitmesini isteyen sanıklar davayı boykot etmeye başladı. Sanıklar son savunmalarını yapmıyor, avukatlar da duruşmalara girmiyordu. Avukatlar, CMK'nın 188'inci maddesini kendilerine kalkan yaptı. Bu maddeye göre, 5 yıl üzeri hapis cezası istemiyle yargılama yapılması durumunda duruşmada avukat bulunması zorunlu. Avukatlar da bunu kullandı. Bu süreçte duruşmaya girmek isteyen bazı avukatlara, savunma yapmak isteyen bazı sanıklara boykot taraftarları tarafından baskı yapıldığı da gündeme geldi. Mahkeme heyeti yaklaşık 4,5 ay ve 10 duruşma bekledikten sonra sanıklara "ya son savunmanızı yapın ya da dava karara çıkacak" diye uyarıda bulundu. Bu uyarıdan sonraki ilk duruşma da dün gerçekleşti. Başta emekli Orgeneral Çetin Doğan, emekli Oramiral Özden Örnek ve emekli Orgeneral Ergin Saygun olmak üzere davanın sanıkları son savunmalarını vermeye başladı. Boykotun bitişinin eski Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün ifadesinden hemen sonraya denk gelmesi de ilginç bir tesadüf oldu. Özkök'ün darbe günlüklerini doğruladığı ve 5-7 Mart 2003'teki Balyoz seminerinde sınırın aşıldığı şeklindeki beyanları davayı etkilemiş görünüyor. Örnek, Özkök'ün ifadesinden hemen sonra yapılan duruşmaya gelmedi. 155 sayfadan oluşan savunmasını gönderdi. Yani mahkemede sözlü olarak savunma yapmayacak. Bu da Örnek'in, Özkök'ün ifadelerinden sonra tavır değiştirmesini göstermesi açısından önemli. Öte yandan, avukatlar hâlâ duruşmaya girmiyor ama burada mahkemenin 4,5 aylık bekleyişi, Yargıtay'ın da yargıyı kilitleme taktiği olarak duruşma boykotlarına olumlu bakmaması nedeniyle sorun oluşturacak bir durum değil. Netice olarak Balyoz davasında bu kez biraz uzun sürse de bir kriz daha bitti. Yargılama normal şekline döndü. Davanın karara çıkmasına az kaldı. Ama tabii ki, dava bitene kadar yeni bir kriz olmayacağı teminatını kimse veremez.