Tempo24 isimli internet sitesinde yayınlanan günlüklerin yeni bölümünde AK Parti'nin iktidara geldiği dönemde 1. Ordu komutanı olan Çetin Doğan'ın o güne (darbeye) hazırlandığı iddia ediliyor. Dönemin Jandarma Genel Komutanı Ergenekon sanığı Şener Eruygur ile Baykal arasında geçen bir telefon konuşmasından bahsediliyor. Sitede yer alan Balbay'ın günlüklerinin 'düşsel bir öykü' başlığı taşıyan bölümünde Mehmet adlı kişiyle yapılan bir söyleşiye yer veriliyor. Söyleşide darbeye karşı çıkan dönemin Genelkurmay Başkanı Hilmi Özkök'ün 'ya değişeceği ya gideceği' belirtiliyor. Özkök'ün bazı emirlerinin yerine getirilmediğinden bahsediliyor. Aynı söyleşide Özkök'ten 'en büyük kaygımız.' diye söz edilirken "Karada ve havada rahatız" deniliyor. 31 Mart 2003 tarihinde by-pass ameliyatı geçiren Çetin Doğan, ameliyattan hemen önce ordu komutanlarıyla konuşmak ve toplanmak üzere hazırlık yapmış. Balbay'ın günlüklerinde şu ifadeler yer alıyor: "Çetin Paşa, Aktüel'deki yazıyı okuduktan sonra demiş ki, ameliyattan önce tabancam yan tarafımdaydı. Şimdi çapraz tutuştayım. O hazır, onunla ilgili gidişte bir sorun yok. Ameliyattan önce İzmir'de ordu komutanlarıyla konuşmak, toplanmak üzere hazırlık yaptı. Orada yapacağı konuşmayı hazırladı. Bunu bilgi olsun diye Genkur'a (Hilmi Özkök) gönderdi. Yaşar Paşa (Yaşar Büyükanıt) bir üste iletmedi. Konuşması ağırdı. Türkiye böyle gitmez, hükümet bu işi götüremiyor, türündeydi. Kesin konuşmayı yapacaktı. Aytaç Paşa (Aytaç Yalman) yap demiş." Yine Balbay'ın notlarına göre 25 Nisan 2003'te, Şener Eruygur ile CHP lideri Deniz Baykal telefonlaşıyor. Önce Eruygur'un Baykal'ı aradığı sonra da Baykal'ın Eruygur'u aradığı not edilmiş. İkilinin konuşmaları ve Eruygur'un ifadeleri günlüklere şu şekilde yansımış: "O gün Baykal'ı aradım. Sonra o beni aradı. 'Sizde bir sarsılma var' dedi. Ben 'yok' dedim. MGK'da gereken söylenecek, MGK iyi geçecek. Tek neden türban değil. Ama bunlar ona indirgiyor. 'MGK'da millet affetmeyecek, ne demek (Erdoğan söylemişti) onu da soracağız. İşimiz zor ama bunlarla mücadele edeceğiz." Balbay'ın günlüklerinde daha önce 'Perşembe Grubu' olarak yansıyan bazı asker ve bürokratların 14 Kasım'daki toplantısına da katıldığı anlaşılıyor.