Afyonkarahisar askeri savcılığının yaptığı soruşturma sonunda, 500'üncü İstikam Ana Depo Komutanlığı 4'üncü Mühimmat Bölge Komutanı Kıdemli Albay Veysel Ö., Bölük Komutanı Binbaşı Ali D. ile Üsteğmen Tarık A., tutuklanmaları istemiyle bölgeye en yakın olan Eskişehir'deki 1'inci Hava Kuvveti Komutanlığı Askeri Mahkemesi'ne sevk edildi. Depo komutanlığında görevli üç rütbeli subay, çarşamba günü Eskişehir'e getirilerek Afyonkarahisar'da meydana gelen patlama olayı ile ilgili askeri mahkemede hâkim karşısına çıktı. Mahkeme konuyla ilgili subayların ifadelerini aldı. Askerlerin 248 ton el bombası ile 360 ton 175 milimetrelik obüs mermisinin 5 depoya yerleştirilmesi gerekirken 2 depoya sığdırılmaya çalışıldığını söyledikleri öğrenildi. 4'üncü Mühimmat Bölge Komutanı Kıdemli Albay Veysel Ö.'nün ise olay esnasında bölgede olduğunu ve patlamadan kıl payı kurtulduğunu anlattığı kaydedildi. Üç rütbeli subayı yaklaşık 2,5 saat dinleyen askeri mahkeme, Bölük Komutanı Binbaşı Ali D.'nin "taksirle ölüme neden olmak" suçlamasıyla tutuklanmasına karar verdi. Tutuklanan Binbaşı Ali D., yapılan işlemlerin ardından Eskişehir Askeri Cezaevi'ne gönderildi. Aynı suçtan mahkemeye sevk edilen 4'üncü Mühimmat Bölge Komutanı Kıdemli Albay Veysel Ö. ile patlamadan kıl payı kurtulduğu öğrenilen Üsteğmen Tarık A. da, tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakıldı. Mühimmat deposunda Susurluk'tan gönderilen bomba miktarının da duruşma tutanaklarına geçirildiği belirlendi. Öte yandan Eskişehir Birinci Hava Kuvveti Komutanlığı Askeri Savcılığı, Afyonkarahisar'da askeri mühimmat deposundaki patlamayla ilgili soruşturma başlatıldığını, gelinen aşama itibarıyla olayın terör ve sabotaja bağlı gerçekleştiğine ilişkin herhangi bir delil ve emare elde edilemediğini bildirdi. 5 Eylül akşamı saat 21.00 sularında, Afyonkarahisar'daki Şehit Uzman Çavuş Mete Saraç Kışlası'nda mühimmat deposunda meydana gelen patlamada, 25 asker şehit olmuş, 8'i asker, 3'ü sivil 11 kişi yaralanmıştı.