Mahkeme, hastalığının cezai ehliyetini etkileyip etkilemediğinin araştırılması için Eruygur'un 3 hafta süreyle Adli Tıp Kurumu'nda gözetim altında kalmasına hükmetmişti. Ergenekon davasını yürüten İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi 28 Haziran 2012 tarihli oturumda, sağlık nedeniyle tutuksuz yargılanan Şener Eruygur'un rahatsızlığının ceza ehliyetini etkileyip etkilemediğinin tespit edilmesi için Adli Tıp İhtisas Kurulu'na sevk edilmesine hükmetmişti. Mahkeme, Eruygur'un 3 hafta süreyle gözetim altında tutulmasına da karar vermişti. Eruygur sivil bir askeri araçla dün sabah saatlerinde Yenibosna'da bulunan Adli Tıp Kurumu'na getirildi. Eruygur'un bulunduğu araca bir ambulans da eşlik etti. Eruygur, ''Ergenekon'' davasına bakan İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi'nin aldığı ''mevcut rahatsızlığının ceza ehliyetini etkileyip etkilemediğinin tespitine'' ilişkin karar üzerine, en fazla 3 hafta gözlem altında tutulacak. Daha önceki oturumlarda Adli Tıp Kurumu tarafından hazırlanan 2 Nisan 2012 tarihli, Eruygur'un duruşmalara katılmasında sakınca olmadığına dair bir rapor mahkemeye ulaşmıştı. Bu rapor üzerine de mehkeme heyeti, Eruygur'u ifade vermesi için duruşmaya çağırmıştı. Yargılandığı süre boyunca ilk kez 25 Haziran 2012 tarihinde duruşmaya katılan Erguygur, devam eden günlerde duruşmalara katılmayınca hakkında yakalama kararı çıkarılması gündeme gelmişti. Bunun üzerine Eruygur 28 Haziran 2012 tarihinde duruşmaya ikinci kez gelmişti. Eruygur savunması için söz verildiğinde hiçbir şey hatırlamadığını söyleyerek savunma yapmamıştı. Avukatı Filiz Esen ise Eruygur'un cezai ehliyetinin olmadığını iddia etmişti.