Ergenekon iddianamesine göre istiklal mahkemesinin başına da bir dönemin DGM savcısı olarak görev yapan Nuh Mete Yüksel getirilecek. İddianamede, Karargâh Evleri oluşumunda adı geçen sanık Neriman Aydın'ın Nuh Mete Yüksel'e gönderdiği mektup da yer alıyor. Neriman Aydın adıyla 29 Eylül 2003 tarihinde gönderilen mektupta, "Sayın Y., yerli işbirlikçilerin bu sömürü sürecini hızlandırmaktaki emeklerinin karşılığını, Türk milleti olarak yapacağımız 150'likler değil, 15 binlik listelerde değerlendirmek üzere örgütlenme ve bir araya gelme zamanıdır. Âli Türkiye Cumhuriyeti Devleti'ni ve Türk ülkesi Türkiye'yi yeniden bağımsız kılacak büyük mücadele günlerinde birlikte olmayı ve yeniden kurmak zorunda kalacağımız Türk İstiklal Mahkemeleri'nde sizi savcı olarak görmeyi diliyoruz." ifadeleri yer alıyor. Yüksel'in bu mektuba cevap verip vermediği bilinmiyor. Nuh Mete Yüksel'in ismi sanıklardan Ergün Poyraz'a yaptığı katkılarla gündeme gelmişti. Yüksel'in ismi ayrıca örgüte eski davalara ilişkin doküman sağlamak iddialarına yönelik olarak geçiyor.