İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesindeki duruşmada Yıldırım, çapraz sorgusuna geçilmeden önce bir açıklama yapmak istediğini belirterek, ikinci ''Ergenekon'' davasının tutuklu sanığı Tuncay Özkan'ın, ''Danıştay Cinayeti, Cumhuriyet'e saldırı'' adlı kitabında kendisine saldırı ve hakarette bulunduğunu öne sürdü. Özkan'ın kitabını ''Danıştay gazilerine atfettiğini'' söylediğini ileri süren Yıldırım, ''Eğer bu sözünde samimiyse, bana alçakça saldırmak yerine beni sahiplenirdi'' dedi. Tuncay Özkan'ın kitabında yayınladığı örgüt şemasını da eleştiren Yıldırım'a, Mahkeme Başkanı Köksal Şengün, konuyu dağıtmaması konusunda uyarıda bulunarak, ''Net ve açık konuş. Yargılandığın konuya gel'' dedi. Ankara'daki yargılama sırasında savcılara şifreli bir mektup gönderdiğini belirten Yıldırım, mektubunda yer verdiği konu ve kişilerle ilgili bilgileri 14 başlık altında anlattı. Yıldırım, kendisine göre 29 harfi kullanarak şekillerle mektup yazdığını ifade ederek, ''Bir takım kendim şahit olduğum olaylar ile duyduğum bilgileri savcıya açıkladım. Bana kötülük yapan insanlarla ilgili duyduğum bilgileri gizlemek ters geliyor. Bu yüzden o bilgileri devlete verdim. Değerlendirilsin, gerekli tedbirler alınsın diye'' şeklinde konuştu. Yıldırım, yazar Orhan Pamuk'a, eski Anayasa Mahkemesi Başkanı Tülay Tuğcu, eski YÖK Başkanı Erdoğan Teziç'e suikast yapılacağını anlattığını öne sürerek, daha sonra bu iddiaların bu davanın iddianamesinde de yer aldığını kaydetti. '' 'Bülent Eczacıbaşı'na çökecekler' dedim, yurt dışından arayıp tehdit ettiler onu'' diyen Yıldırım, şöyle devam etti: ''(Vural Savaş, Sabih Kanadoğlu) dedim. İşçi Partisi'nden kroki çıktı. 'Deniz Baykal'a suikast yapacaklar' dedim. MİT kendisi uyarmış. 'Sinagoglara, patrikhanelere saldıracaklar' dedim. İbrahim Şahin'den böyle bir saldırı planı çıktı. Tuncay Özkan bana değil, kendisini öldürtmeye çalışan suç ortağına saldırsın. 'Başbakan'a suikast yapacaklar, AK Parti iktidarını devirecekler' dedim. Suikast planları çıktı. Sarıkız, Yakamoz, Eldiven, Ayışığı... En son Balyoz. Bulut da gelebilir. Dikkat edelim, Balyoz'a şükür. Ergenekon'un sağ yanağına dikkat çektim.'' Başkan Şengün'ün tekrar konuyu dağıtmaması yönündeki uyarısı üzerine Yıldırım, ''Alparslan Arslan, 2004'te 'devlette temizlik yapılacak' diyordu. Temizlik, 'Balyoz temizliği'. Her şey çok net anlaşılıyor'' diye konuştu. Başkan Şengün tekrar müdahale ederek, ''Senin tarafından her şey net anlaşılıyor. Kendine göre anlıyorsun. Kendine göre konuş'' dedi. Alparslan Arslan'a, Danıştay saldırısının ardından ''Bu çocukları İstanbul'da teslim edelim'' dediğini, Arslan'ın bunu kabul etmediğini ifade eden Yıldırım, ''Alparslan Arslan, 'Çocuklar yanımda bulunsun. Yakalanan arkadaşlarımı kurtarmak için devletin önemli kurumlarına patlayıcı yerleştirerek kurtaracağız' dedi'' şeklinde konuştu. Başkan Şengün de ''Kaç gündür niye bunları söylemedin, yeni mi aklına geldi?'' diye tepki gösterdi. Üye Hakim Hasan Hüseyin Özese, Yıldırım'a, şifreli mektup yazdığını söylediğini hatırlatması üzerine Yıldırım, cezaevi idaresinin bazı mektuplarını sakıncalı gördüğünü belirterek, bu nedenle mektubunda şifre kullandığını kaydetti. Yıldırım, Danıştay saldırısıyla ilgisiNİN olmadığını ileri sürerek, alacağı cezanın 2 yıl olacağını, ancak 4 yıldır cezaevinde bulunduğunu ifade etti. Yıldırım, ''Beni niçin tahliye etmiyorsunuz? İşlediğim suçlardan dolayı beni en ağır şekilde cezalandırın. Bu zalimlerin zulmü üzerimden kaldırılsın'' diye konuştu. Daha sonra duruşmaya ara verildi.