10. yüzyılda inşa edilen ve kubbesinin etrafında dört şapel bulunan tek Bizans yapısı olma özelliğini taşıyan camiyi turistler yoğun olarak ziyaret ediyor. Zaman'ın haberine göre, ziyaretçilere yapının harabe halini göstermekten utandıklarını söyleyen cami imamı Abdullah Kılıç, böyle bir kültür mirasına sahip çıkılmamasından duyduğu üzüntüyü dile getiriyor: "Her yerinden taşlar dökülen camide cemaat korkarak namaz kılıyor. 2010 Kültür Başkenti çalışmaları kapsamında korumaya alınacak ilk üç eserden biri burası olmalıydı." Fatih Belediyesi, Emniyet Amirliği, Historia Alışveriş Merkezi'ne çok yakın olan Molla Fenari İsa Camii, araç ve yaya trafiğinin yoğun olması nedeniyle ziyaretçi akınına uğruyor. İstanbul'un fethinden kısa süre sonra camiye çevrilen yapı, en son 1967 yılında restore edilmiş. 42 yıldır el değmeyen caminin bugün kubbeleri çatlamış, duvarlarındaki taşlar yıpranmış. Binanın tarihî dokusu yok olmaya yüz tutmuş. Caminin mimari açısından çok önemli bir yapı olduğunu belirten sanat tarihçisi Prof. Dr. Semavi Eyice, ibadethanenin bir an önce restore edilmesi gerektiğini söyledi. Caminin farklı dönem özelliklerini taşıdığını kaydeden Yenice, Anıtlar Yüksek Kurulu'nun bu konuda daha hassas ve hızlı davranması gerektiğini vurguladı.