Bu sözler Balyoz komutanı olduğu ileri sürülen Çetin Doğan'ın kendini temize çıkarmak için kullandığı en önemli gerekçeydi. Jenerik Senaryo iddiasını önce askeri savcılığın görevlendirdiği bilirkişi heyeti boşa çıkardı. Ardından da 2003'teki semineri takip eden Genelkurmay temsilcisinin raporu çıktı ortaya. Çetin Doğan o toplantıda açık açık hükümete ültimatom vermekten bahsediyordu. Sabah Gazetesinin manşete taşıdığı habere göre Balyoz seminerinde Genelkurmay'ın temsilcisi de vardı. Konuşulanları takip ediyordu. Dönemin 1. Ordu komutanı bizzat İstanbul'un yönetimine el konulacağını söylüyordu. İddialara göre Genelkurmay Temsilcisi, Çetin Doğan'ın millete balyoz planını emasyayı kullanarak uygulamaya sokacağız dediğini de duydu. Ancak yönetime el koymak için EMASYA'nın yeterli olmayacağı da yine Genelkurmay temsilcisinin önünde konuşuldu. Öyle ki seminere ait ses kayıtlarında Çetin Doğan açıktan belediye başkanlarına yönelik de çalışma istiyordu. 5000 sayfalık belgelerde Balyoz'un Komutanı olarak görünen Çetin Doğan birinci vazife olarak da hükümeti değiştirmeyi gösteriyordu. Sabah gazetesinin iddiasına göre, bütün bu konuşmaları ve Çetin Doğan'ın talimatlarını dinleyen Genelkurmay Temsilcisi seminerden sonra bir rapor hazırladı. Ve o raporda "Rutin dışına çıkıldı" tespitinde bulundu. Zaten komutan da konuşulanların ne olduğunu saklamıyordu. Ne var ki iddialara göre o dönemde Balyoz'un önünü kapatacak rapor, Genelkurmay Başkanı Org. Hilmi Özkök'ten saklandı ve resmi kayıtlara girmedi. Emekli Orgeneral Hilmi Özkök de Balyoz'un ortaya çıkmasından sonra "Basında yer aldığı şekilde suç sayılacak şeyler bana sunulmadı" demişti.