Kabul edilen ikinci iddianamede, Şener Eruygur ve Hurşit Tolon’dan ele geçirilen belgeler sıralanıyor. Belgeye göre, Büyükanıt’ın kullandığı ilaç bile Ergenekon tarafından kaydedilmiş. Eruygur’dan ele geçirilen fişleme belgesi şöyle tarif ediliyor: “ ‘Org. Büyükanıt’ isimli klasör içerisinde eski Genelkurmay Başkanlarından Orgeneral Yaşar B. ‘a ait ailevi bilgiler, hesap hareketleri, kullandığı ilaçlar, sağlık durumu, dostları, bir yakını olduğu tahmin edilen maktul Mednan B. ‘ın öldürülmesiyle ilgili dava dosyalarının bulunduğu...” Tolon’dan ele geçirilen, Büyükanıt’ın fişleme belgesiyse böyle anlatılıyor: “ ‘ORG. BÜYÜKANIT’ isimli klasörde 5 adet alt klasör ve 3 adet dosya, ayrıca alt klasörler içerisinde de çok sayıda dosyalar ve alt klasörler olduğu, Genelkurmay Eski Başkanı Org. Yaşar BÜYÜKANIT ile ilgili kişisel bilgiler, aile bilgileri, banka hesap bilgileri, bağlantılı olduğu kişiler, gayri menkulleri ile ilgili bilgiler, sağlık durumu ile ilgili bilgiler, ailesi ile ilgili yapılan soruşturma dosyaları ile ilgili bilgileri içeren geniş kapsamlı araştırma dosyaları olduğu tespit edilmiştir.”