YÖK tarafından, üniversitelerden gönderilen rektör adaylarından birinci sırada bulunan bazı isimlerin Cumhurbaşkanlığı'na gönderilmediği belirtilerek, "Diğer konularda olduğu gibi rektörlük seçim süreci de yasaların belirlediği şekilde, Yükseköğretim Kurulu'nun uyumlu çalışmasıyla sonuçlandırılmıştır" denildi. YÖK'ten yapılan yazılı açıklamada, YÖK'ün önceki yıllarda yasanın kendisine verdiği yetki ve sorumlulukla rektör adayı belirleme sıralarında değişikliğe gittiği kaydedilerek, bazılarında ise en yüksek oyla gelen isimlerin Cumhurbaşkanlığı'na gelen listelerin dışında bırakıldığına dikkat çekildi. 21 Temmuz 2008 tarihli oylamada da üniversitelerden gelen seçim sonuçlarına çoğunlukla bağlı kalındığı belirtilen açıklamada, bazı üniversitelerin rektör adaylarının ise "geniş bir mutabakatla" değiştirilerek, Cumhurbaşkanlığı'na gönderildiği kaydedildi. Açıklamada, "Diğer konularda olduğu gibi rektörlük seçim süreci de yasaların belirlediği şekilde, Yükseköğretim Kurulu'nun uyumlu çalışmasıyla sonuçlandırılmıştır" denildi. Rektörlük seçimleri ile ilgili yapılan bazı haber ve yorumların kasıtlı ve yanlış olduğu ifade edildi.